1、合理輪作
與非茄科作物輪作4年以上，最好與禾本科作物水旱輪作，以殺滅土壤中的病菌。施用充分腐熟的有機肥及堆肥，改變微生物群落，對酸性土壤每畝用50-100公斤生石灰均勻撒入土壤，可較好抑制細菌的生長繁殖。
2、軟盤育苗
可採用50-60目軟盤育苗，帶土移栽，以減輕移植時對根系造成的損傷，防止病菌從根部傷口侵入。
3、嫁接栽培
可進行嫁接育苗，或向育苗公司選購嫁接苗種植。嫁接栽培是利用砧木對土傳病害具有高度抗性的特點來防止青枯病、根結線蟲、根腐病等土傳病的發生，生長勢強，根系發達，耐高、低溫。嫁接栽培培土時要注意防止掩介面，避免接穗重新發根入土，降低防病效果。
4、施足基肥
番茄生長期長、生長量大，產量高，需肥量大，因此，基肥除施足有機肥外，還要配合施用一定量的高鉀複合肥料，以促使植株生長健壯，增強植株抗性。同時施足基肥，可減少中後期開溝施肥對根系造成的損傷，避免病菌從傷口入侵。
5、及早中耕
因病菌主要是從根莖的傷口入侵，要早中耕，前期可深，後期要淺；要防止傷根，注意保護根系。種植番茄畦高要在30釐米以上，開好排水溝，做到雨停畦幹，以降低田間溼度。第一次深中耕後在畦面上蓋上稻草或花生苗，阻隔強光對畦面直射，降低表土溫度，同時可起到疏鬆土壤和抑制雜草生長作用。
6、適施硼肥
硼可促進植物維管束生長和根系發育，防止維管束堵塞、生長受阻，提高植株的抗旱、抗病能力；硼還參與多種生理活動，能夠促進碳水化合物的運輸和代謝，加速細胞伸長和分裂。每畝用0.5-0.75公斤硼砂與細土或有機肥料拌勻後開溝條施或穴施，或與氮、磷、鉀等肥料拌勻後一起基施；在幼苗期、始花期、幼果期分別用800-1000倍的硼酸液或0.3%硼砂液作根外追肥，可有效預防青枯病發生。
7、藥劑防治
田間發現病株要立即拔除，病穴用20%石灰水消毒；用72%農用鏈黴素2000倍液，或植病靈1000倍液，或3%中生菌素可溼性粉劑600倍液，或20%葉枯唑可溼性粉劑1500倍液進行灌根，每隔7-10天灌根1次，共灌根2-3次。