懷孕頭3個月是胎兒重要器官形成的關鍵時期。首先發育的是頭尾部分及體節（骨骼肌肉和前身）；30天發生感官和肢芽，初步建立胚胎血液迴圈；60天肢芽伸長，顏面形成，心、肝、消化管和生殖器形成和發育。在此期間藥物極易造成嬰兒先天缺陷。
為此，在懷孕早期隨意使用藥物是危險的。
懷孕前期應注意使用的藥
應完全避免使用的藥物
雄激素（如睪酮類藥物）、雌激素、已烯雌酚、口服避孕藥、孕酮，這些藥物可使女胎兒男性化，男胎兒發育不良或死產、早產和齶裂等；
秋水仙鹼、環磷醯胺等可使染色體斷裂，對胎兒有致畸作用；含有此類成分的藥如用於痛風性關節炎的秋水仙鹼片及部分抗腫瘤藥；
四環素類藥物可致胎兒骨及牙釉質發育不全，表現為身體發育緩慢以及“四環素牙”；
促進蛋白合成藥物及菸鹼（包括吸菸）對胎兒也有致畸作用。
僅在孕婦必需時才能使用的藥物
苯丙胺類、抗癌藥物、口服抗凝藥、巴比妥酸鹽類、卡馬西平、氯黴素、氯喹、多粘菌素E、可的松類藥物、氟哌啶醇、卡那黴素、甲硝噠唑、萘啶酸、去甲阿密替林、苯妥因、撲癲酮、丙基硫氧嘧啶、奎尼丁、利血平、鏈黴素、噻嗪類利尿藥、氨碸噻噸、萬古黴素、紫黴素等。以上藥物對胎兒有潛在損害，除此則應避免。
對胎兒可能產生損害的藥物
制酸藥（如部分胃藥）、阿司匹林（日常作為退燒藥）、苯氧苯丙酸、速尿（高血壓的常用藥）、慶大黴素、消炎鎮痛藥、鐵、鋰、煙醯胺、口服降血糖藥、磺胺甲基異惡唑、弱安定類藥、甲氧苄氨嘧啶、大劑量維生素C和大劑量維生素D等。這些藥物應儘可能避免或減少使用。
注意事項
若當母體有病必須用藥時，可選用通常認為無緻畸作用的老藥，由於對新葯緻畸性尚未充分了解，一般應避免使用。