在北方地區，胡蘿蔔貯量大且貯期長，在冬春蔬菜種類調劑或後期深加工上有重要作用。防止萌芽和糠心是胡蘿蔔冬季貯藏的首要問題。若貯藏溫度高，氣溫低，不僅因萌芽和蒸騰脫水導致糠心，而且也增大自然損耗；若貯溫過低，則肉質根易受凍害。所以胡蘿蔔的貯藏環境必須保持低溫高溼的條件。通常適宜貯藏溫度為0~3℃，相對溼度為90%~95%。胡蘿蔔常用的貯藏方式有以下幾種：
步驟/方法
溝藏
用於胡蘿蔔的貯藏溝，一般寬1~1.5米，過寬則增大氣溫的影響，減少土壤的保溫作用，難以保持溝內的穩定低溫；溝的深度應當比當地冬季的凍土層再稍深0.6~0.8米，長度視貯量而定。貯藏過程中，隨環境溫度的變化來調節覆土厚度以降低溝內的溫度。
貯藏溝應設在地勢較高，水位低而土質粘重保水力較強處，東西延長。一般底土較潔淨，雜菌少，供覆蓋用。表層土堆在溝的南側起遮蔭作用，利用土堆遮蔭，儘可能增加其高度，不需附加材料，在貯藏的前中期便可起到良好的降溫和保持恆溫的效果。
胡蘿蔔可以散堆在溝內，厚度一般不超過0.5米，以免底層產品受熱腐爛。最好是與溼沙層積，有利於保護溼潤並提高直根周圍的二氧化碳濃度。下窖時在產品表面覆上一薄層土，以後隨氣溫下降分次新增，最後約與地面平齊。必須掌握好每次覆土的時期和厚度，以防底層溫度過高產品腐爛或表層產品受凍。為了掌握適宜的溫度情況，可在溝中間設一個竹筒或木筒，內掛溫度計，深入到胡蘿蔔中定期觀察溝內溫度，以便及時覆蓋。埋藏的根菜多數為一次出溝，翌年天氣轉暖時，除掉覆土，挑出腐爛的直根，完好的削去頂芽放回溝內，覆一層薄土，可繼續貯存一段時間。
堆垛藏法
胡蘿蔔在窖內或通風庫中可散堆或碼垛，堆不可過高，一般堆高為0.8~1米，否則堆內溫度高易腐爛。為了增強通風散熱效果可在堆內每隔1.5~2米設一通風筒。貯藏中一般不倒堆。在窖或庫內用溼沙土層積要比散堆效果好，便於保溼並積累二氧化碳。注意窖或庫內的溫度，必要時用草簾加以覆蓋，以防受凍。貯藏中定期抽查，發現腐爛產品及時挑除。
塑料薄膜半封閉貯藏法
在通風庫內將胡蘿蔔堆碼成一定大小的長方形垛，入貯開始或庫溫升高萌芽前用塑料薄膜帳罩上，垛底不鋪薄膜，半封閉狀態可適當降低氧氣濃度，提高二氧化碳水平，保持高溼，延長貯藏期，保鮮效果更好。貯藏中可定期揭帳通風換氣，必要時進行檢查挑選。
塑料薄膜袋裝貯藏法
在窖內或通風庫內採用0.07~0.08毫米厚的薄膜聚乙烯塑料袋密閉貯藏胡蘿蔔，能有效抑制脫水和萌芽，在1℃低溫下貯藏，效果很好。
注意事項
一是要定期測量種子水分。為確保入庫種子達到安全含水量，禾穀類作物種子安全含水量為12%—15%。油料作物種子安全含水量為8%—10%。薯類作物安全含水量為65%—80%。
二是要定期測定種子發芽率。要根據種子庫存的實際情況，定期、定點、定層抽取種子樣品進行發芽試驗，特別是在種子入庫前和出庫前必須做發芽試驗，以確保種子質量；
三是要經常檢查種子病蟲害。
四是謹防突然變化溫度。在貯藏種子過程中，一般在室外貯藏的種子不能突然轉到室內，同樣在室內貯藏的種子也不能突然轉到室外，否則溫度的突然變化會大大降低種子的發芽率；
五是要做到清潔乾燥。如果在倉庫內貯藏不能漏雨雪，在室外貯藏也不可露天或雨雪淋浸，以防種子因潮受壞；
六是要注意忌與農藥、化肥混貯藏、忌用塑料袋裝種子、忌菸氣燻蒸、忌種子與地面直接接觸等。