紅茶菌雖然具有調節血壓、暖胃健脾等眾多，但也會在某一部分人體內產生不良作用。
初飲紅茶菌的不良反應
一般初次飲用紅茶菌會引起人體的很多不良反應，如容易興奮而失眠，輕度的腹瀉或者肌膚痕癢等副作用，但是這些副作用會因習慣而消失。
個別人會產生酸過敏反應
紅茶菌蘊含了比較豐富的有機酸，一般有酸過敏的人飲用了紅茶菌則會引起比較嚴重的過敏反應。
飲用紅茶菌劑量太大會引起關節疾病
如果飲用者本身存在一些關節或者是腎臟功能等方面的問題，再飲用劑量太大的紅茶菌，會造成關節炎、通風以及神經痛等不良反應。
紅茶菌可能會引起免疫系統不良反應
紅茶菌中的細胞因子活性比較高，很容易刺激到人體自身免疫系統，進而引起某些免疫系統疾病。