電子脫硫主要分為遊離基的生成、SO2與NOx的氧化、硫酸銨與硝酸銨的生成。遊離基的生成：燃煤排煙由氮、氧、水蒸汽、CO2等主要成分及SO2、NOx等微量有害成分構成。當電子束照射煙氣時，電子束能量大部分被煙氣中的氮、氧、水蒸汽所吸收，從而生成富有反應活性的遊離基(OH基、O原子、HO2基、N基)。SO2與NOx的氧化：煙氣中的SO2與NOx ,，與因電子束照射而生成的遊離基進行反應，分別氧化成硫酸（H2SO4）與硝酸（HNO3）。
電子束脫硫工業裝置工程量大，管道耐腐蝕要求高，整個工程需要大量高質量的襯膠管道、耐腐蝕橡膠接頭、儲罐、反應釜。工程不僅要求所用橡膠具有較高的耐酸性能、耐鹼性能，還要求橡膠接頭等橡膠具有一定的耐輻射、耐臭氧性能。