1.關卡系統變化：OVER IMPACT炸母艦抓主角機什麼的就不說了，這個都知道。完成特殊條件觸發TRIGGER出現的祕藏機體這次附帶了僚機，擊破隊長機即可捕獲僚機。。。也就是說IMPACT用來抓主角機，打祕藏用來抓各種比較稀有的量產機2.關卡難度變化：最初的普通世界就不說了。核心世界和後期出現的超越世界裡觸發OVER IMPACT後會出現完全複製我方機體能力的複製體（和前作僅僅是複製了機型的那種不同），我方機體能力值有多高，複製體的就有多高，而後期機體能力值要是沒兩項超100的你都不好意思見人。。。然後後果你們懂的。對付這種機體讓單一機體過去單挑是相當有風險的，必須連攜攻擊一次性打爆才行。。。幸好複製體不會複製機師的能力，不然就更難打了（不排除HELL關的複製體會複製機師能力的可能）。3.開發設計系統變化：現在所有名機師的量產專用機都是可以製造的，而不是像前作那樣僅限該機師使用。特定機體配置特定機師或是和特定機體進行設計（比如鋼加農和扎古2設計就能出鴨子專用扎古2）後就能將專用機的生產許可權登入到商店裡。另外，解放牌鳳凰不再是萬能的設計材料機，這次機體設計需要更多的不同機體參與才能進行豐富多彩的設計。4.機師培養變化：除了少數專用或指定人群的技能外，所有機師均可習得所有技能，培養方向依個人需要而定。但技能槽變為3個，削弱多個MS機師系的強力技能，比如冷澈等，使一些依仗強力技能開無雙的機師“變老實些”。強化和增加了多個母艦系技能和團隊型技能，使搭乘母艦的人員不再是補槍增級的花瓶，可以利用多種強力支援能力支援前線人員（比如整備師的母艦領域內同隊全機體每回合恢復5%EN），母艦和前線MS的連攜性大幅增強；而團隊型技能則使小隊更加需要團結在MASTER機和小隊長周圍作戰以獲得更好的BUFF加成，而不是單機四處無雙。5.機體培養變化：取消了根據機體等級階段性增加每級強化數值，改為固定值，升到99級時強化增加能力依舊固定為攻擊+1、防禦+1等。但是對同一能力多次強化而出現要求消耗點數增加的系統進行了優化，前作同一能力強化10次左右就會要求額外增加1格強化點，而現在要強化20多次才會增加一格。這樣使得如前作那樣動輒400攻擊力打出幾十萬傷害、400機動誰都摸不著的逆天機體不再出現，攻略後期高難度關卡時需要更加小心。6.機師作戰能力變化：取消了99級的無限擊破後行動，限制為10次以防止單機無雙。增加MASTER技能以突出MASTER對於戰鬥的領導作用，除了第一次選擇MASTER給予的機師和劇情給予的MASTER機師外，其他所有機師的MASTER技能都需要一定的擊墜數來習得（大約每20機學一個？）。MASTER技能使用完後可以回母艦休息補充，然後繼續使用，這也就說明哪怕是MASTER，也離不開母艦，何況是普通機師？同時減弱超強氣和超一擊對於攻擊的加成，同樣突出了想擊敗強力BOSS或是達到多段的OVER KILL，就必須多機聯合作戰的概念。7.機體作戰能力變化：削弱3鎖威力，取消導彈等武器的多段判定，增加多個強力武器的消耗，削弱MASTER機的自動恢復能力、削弱多臺高機動機體的移動能力——這一切都說明了一件事，單機無雙的時代已經過去了，在本作，脫離了母艦範圍、脫離了小隊範圍，沒有任何機體可以單機無雙過掉高難度關卡（至少我通掉核心世界後的目前感覺是這樣），想在超越世界關和以後的HELL關有效殺敵，就必須同團隊合作。同時強化母艦作戰能力，轉向不再消耗行動力，增加多個可強化母艦效能和支援能力的OP和機師技能，包括MASTER機在內只有在母艦區域內才能發揮最大戰力，而且離開母艦範圍單獨作戰的話補給很難得到保障。