卵巢囊腫具有不同型別，病情程度也有所差異，因此治療方法不能一概而論，要經過詳細檢查才能決定如何治療。需要注意的是，治療卵巢囊腫，要以最大程度上保留卵巢正常功能為前提。
治療卵巢囊腫，看病情，分類治療
囊腫小、近絕經期卵巢囊腫
如果卵巢囊腫是小於妊娠8周的大小，或是女性近絕經期發現囊腫，沒有明顯症狀，可以採取觀察法，進行定期的檢查，當卵巢囊腫長大時，在進行相關治療。
囊腫增大，積極治療
如果患有的卵巢囊腫增大，並且表現出明顯症狀，如腹痛、水腫、出血等，就需要採取手術治療了。
保守治療無效，及時手術
如果卵巢囊腫長期保守治療後，效果不明顯，或者是症狀沒有緩解，就應該及時手術治療。
注意事項
卵巢囊腫容易發生扭轉、破裂，引起大出血會威脅生命安全，因此一旦查出，沒有馬上治療的，也應該定期跟蹤檢查。
孕婦如果患有卵巢囊腫，會引起流產，就算順利妊娠到分娩，也會有難產和囊腫破裂的風險，因此懷孕前最好做個孕前檢查，排除囊腫情況。
年輕女性對生育能力要求高，發現卵巢囊腫最好儘早治療，儘可能保證完整的卵巢功能，以免遭遇不孕。
卵巢囊腫具有惡變風險，在檢查的時候不但要做基本的婦科檢查，必要時還要做全身檢查、腹腔鏡檢查、免疫學檢查等。