根據流行病學接觸史、臨床表現及實驗室檢查結果，可作出人感染H7N9禽流感的診斷。在流行病學史不詳的情況下，根據臨床表現、輔助檢查和實驗室檢測結果，特別是從患者呼吸道分泌物標本中分離出H7N9禽流感病毒，或H7N9禽流感病毒核酸檢測陽性，可以診斷。
流行病學史。發病前1周內與禽類及其分泌物、排洩物等有接觸史。
疑似病例：符合上述臨床症狀及血常規、生化及胸部影像學特徵，甲型流感病毒通用引物陽性並排除了季節性流感，可以有流行病學接觸史。
確診病例：符合疑似病例診斷標準，並且呼吸道分泌物標本中分離出H7N9禽流感病毒或H7N9禽流感病毒核酸檢測陽性。
重症病例：肺炎合併呼吸功能衰竭或其他器官功能衰竭者為重症病例。
鑑別診斷。應注意與人感染高致病性H5N1禽流感、季節性流感(含甲型H1N1流感)、細菌性肺炎、傳染性非典型肺炎(SARS)、新型冠狀病毒肺炎、腺病毒肺炎、衣原體肺炎、支原體肺炎等疾病進行鑑別診斷。鑑別診斷主要依靠病原學檢查。