基因組拼接?

denovo拼接需要參考基因組麼

de novo assembly是新的基因組裝配，（de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接），即在沒有參考序列的情況下進行序列拼接，對未知基因組序列進行測序，利用生物信息學分析手段，對序列進行拼接、組裝，從而獲得其基因組的圖譜。但這是個相對的概念，比如如果有了人類基因組作參考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。

此外還會有人對測序的覆蓋度（coverage）和測序的深度（depth）概念混淆。

對於coverage，由於大片段拼接的gap（空白或者缺口）、測序讀長有限、重複序列等問題的存在，測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域，覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序，覆蓋度為98.5%，那麼說明該基因組還有1.5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到；

對於depth，就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數，比如某樣本的測序深度為30X，那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序（或者說讀取）了30次，注意，是平均。當然了，depth也有最大和最小值，這個都可以由信息分析得到。其實也就是為了提高準確率什麼的，一般15X就差不多了。

測序結果怎麼拼接

測序實際上就是一個PCR反應。兩個反應就是以上有引物引發和下游引物引發的兩個反應。

測序結果拼接其實很簡單，你看你的兩個測序結果的後面應該有一段重疊區（如果測通的話），通過重疊區拼接起來就可以了。

DNAman裡可以自動拼接的。

你說的那幾個軟件在百度文檔裡就有下載。

我手頭有mage、DNAstar和ClustralX的使用說明。

基因片段用什麼拼接？怎樣拼接？ 10分

粘性末端法,又稱限制性內切酶酶切法。要求兩種DNA分子具備同一個限制性內切酶切點,能產生互補的粘性末端。主要缺點是較難選擇重組質粒,而且當外源DNA片段的長度超過載體DNA較多時,形成的重組質粒的轉化率較低

如何拼接DNA序列

DNA序列的拼接應該是從測序結果中，準確找到你的序列信息。

一般是以自身的引物去查找搜索，先確定引物的位置，那麼引物兩端便是你想要的序列。

如何將線粒體全基因組dna進行環狀拼接

線粒體擁有自身的遺傳物質和遺傳體系，但其基因組大小有限，是一種半自主細胞器。除了為細胞供能外，線粒體還參與諸如細胞分化、細胞信息傳遞和細胞凋亡等過程，並擁有調控細胞生長和細胞週期的能力。