疼痛：
疼痛是子宮內膜異位症最具特徵的症狀。每遇經期或經行前後小腹疼痛，隨月經週期性發作，甚者疼痛難忍，甚或伴有嘔吐汗出，面青肢冷，以至暈厥。本病可發生於初潮至絕經前的任何年齡。在異位子宮內膜形成後的繼發性痛經和隨局部病變加重而逐漸加重的痛經最為典型。痛經常常在月經來潮前1—2天，甚至月經週期後半期開始，持續整個行經期，月經期後逐漸消失。
如系子宮腺肌病，則可使子宮肌肉痙攣，痛經更為明顯。月經過後，異位的子宮內膜逐漸萎縮而痛經消失。疼痛多位於下腹部正中，偶可偏於一側6病變侵及直腸子宮陷凹、宮骶韌帶時，疼痛可放射到直腸、會陰和腰背部。疼痛多為墜脹痛，嚴重者可以輾轉不安、個身大汗，伴發噁心、嘔吐、腹瀉，甚至休克。
子宮內膜異位症疼痛程度相差很大，一般不決定於病灶大小，和病變的部位有一定的關係。卵巢的內膜異位囊腫，有時體積很大，由於卵巢皮質無感覺神經，可以無痛經症狀。有的病灶由於異位的子宮內膜已被結締組織包圍或與周圍臟器黏連，其中內膜活性已喪失，也可無痛經症狀。
種植在子宮能骨韌帶和直腸子宮陷凹等神經纖維豐富的緻密組織中的幾個小結節可引起起非常痛苦的疼痛。如肛門墜痛或排便痛。子宮內膜異位症引起痛經可能是由於異位內膜的增生和出血，刺激局部組織導致疼痛。月經過後，異位子宮內膜逐漸萎縮而痛經消失。此外，還可能與前列腺素的異常產生有關。子宮受PGs的刺激引起過度收縮，子宮內壓較正常婦女升高2—3倍，子宮血流量減少，局部缺血，引起疼痛，並引起噁心、嘔吐、腹瀉等伴發症。如旱破口小，少量內容物的流出可能不引起急性症狀，但可造成子宮內膜異位組織擴散和繼發種植，使病變和教連進一步加重。如果破口大，大量內容物流出可引起劇烈腹痛，同時伴有噁心、嘔吐和肛門墜脹感。卵巢子宮內膜異位囊腫破裂是婦科新的急腹症之一，發生率約為80％，破裂常發生在經期或月經後半期，無停經史和陰道出血，伴有劇烈腹痛和腹膜刺激症狀，輕者一般無血壓下降和休克，可暫時保守療法，密切觀察。如破口累及較大血管，引起內出血，血壓下降或休克應立即刻腹探查。
月經失調：
表現為經量增多或延長，少數為經前點滴出血。月經失調可能與卵巢組織被異位內膜組織破壞、盆腔局部黏連嚴重導致卵巢功能紊亂、無排卵、黃體功能不足、有關。也可能同時合併有子宮腺肌病或子宮肌瘤。
不生孕：
大約有1／3不明原因的不生孕患者的腹腔鏡檢查發現異位病灶，子宮內膜異位症患者的不生孕率高達40％左右。重度子宮內膜異位症患者的不生孕可能與解剖結構變化有關，雖然子宮內膜異位症很少侵犯輸卵管肌層和教膜層，但盆腔內器官和組織的廣泛黏連，輸卵管僵硬影響輸卵管的蠕動，嚴重病變還可導致輸卵管傘端閉鎖，從而影響卵子的攝取和精於、受精卵的輸送。輸卵管腔內的內膜異位症還有直接的影響，因此對子宮內膜異位症引起的輸卵管不生孕，主張可用腹腔鏡治療。
性 交痛：
子宮內膜異位病灶常散在盆腔部、直腸子宮陷凹、子宮能骨韌帶處。性 交時陰 莖的撞擊可引起疼痛不適，以月經來潮前症狀最為明顯。
排便痛：
子宮內膜異位病灶常位於盆底、直腸子宮陷凹，直腸和乙狀結腸常常累及，且有黏連，排便時，腸蠕動引起腹膜牽拉，可出現排便痛，久而久之，患者出現大便乾結、便祕，也可出現便血癥狀。
腹水：
子宮內膜異位症伴發大量腹水較少見。患者大多初期表現為腹脹、腹痛多數有厭食及噁心，1／3的患者體重顯著減輕，食慾不振。有子宮內膜異位症特有症狀。
胸腔積液：
少數子宮內膜異位症患者可有胸腔積液發生，病灶呼吸音減低，叩診濁音，胸片見有乳白色陰影。胸腔積液、腹水發生的原因被認為與麥咯綜合徵相類似，胸腔積液是病變經橫膈小孔或淋巴轉移至胸膜所致。
其他部位的子宮內膜異位症：
如身體任何部位有內膜異位組織種植和生長，均可在病變部位出現週期性疼痛、出血或塊狀物增大。但起病隱匿，臨床多無典型症狀，不易確診。報道有宮頸、陰道、外陰子宮內膜異位症。
泌尿系統子宮內膜異位症，常表現為週期性的尿頻、尿急、尿痛，並可有血尿。輸尿管子宮內膜異位症可為單側或雙側，有腹痛或腰痛，嚴重者可出現尿路梗阻。
腸道子宮內膜異位症，常表現為腹痛、腹瀉、便祕等，甚至有周期性少量便血；突向腸腔可使腸腔受壓出現腸梗阻症狀。
腹壁子宮內膜異位症，表現為週期性腹壁癱痕疼痛，並可在瘢痕深部們及觸痛包塊隨著時間延長，包塊可逐漸增大，腹痛加劇。
臍部子宮內膜異位症，表現為臍部痛性紫藍色結節，月經期臍部有血性或棕褐色液體排出，進行性加重。
肺部子宮內膜異位症，可在月經期發生胸痛和氣胸。可出現咯血、呼吸困難。
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