主角是一位高中一年生，一天放學回家時，突然被一團光包圍著，然後就帶到稱為「京」的異世界去了。那時候的京，正分為帝和院（前任的帝）兩股勢力，就連貴族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨雖是被龍神挑選出來的龍神之神子，負上拯救京的責任，但為了守護神子而被選出來的八葉，卻並不認同花梨是神子，而且八人之間亦因為分裂成兩個政治黨派而彼此不和。
花梨一邊要令八葉成為自己的夥伴，一邊則為拯救京而努力
基本流程
第一章：
藤姫先向你介紹基本情況，並請你以龍神神子身份拯救這個世界。戰鬥後，阿庫拉姆奪取八葉的部分回憶，發散到不同的土地。本章不能自由行動，基本上就是了解劇情，與各人物見面。在PS版中設定不同的生日會影響八葉的感情（分好感度★和信賴度★兩種），但在GBA中不行。
第二～五章：
任務是收集四神之咭。分青龍篇，朱雀篇，白虎篇，玄武篇4篇，順序自定。建議帶上同屬性的兩位八葉。有時間限制（* 日期與PS版本略有差入）。在這一部分，由於每章的敵人不變，不同八葉遇到相同的敵人會產生不同劇情。唯有玩4遍才能集滿全部16種情節和不同的CG。拿到每章的四神之札，八葉便可使用合體術。（* 這裡有GBA版本的BUG，以某種流程進行，便可以收集大部分事件的CG）
路線
青龍篇：（神楽岡）--- 神泉苑 --- 大文字山 --- 將軍冢
朱雀篇：（東 寺）--- 羅生門遺蹟 --- 剣神社 --- 吉祥院天満宮
白虎篇：（朱雀門）--- 蠶 社 --- 鬆尾大社 --- 一條戻 橋
玄武篇：（糺 森）--- 火之御子社 --- 深泥 池 --- 船岡山
* 青龍篇中，必須帶鷹通、友雅、永泉其中一人去神泉苑
第六～九章：
開始時會讓你選擇天之路線，地之路線或者不選（* 和PS版本不同，在PS中只能兩者選其一）。選擇後會對以後的流程有重要影響。(原出處：newwise.com)每篇中一定要在規定時間內完成任務，找到封印石，否則無法封印四神。流程順序隨機：
青龍篇：音羽 滝 --- 鬆尾大社 / 羅城門跡 / 吉祥院天滿宮 --- 桂
朱雀篇：墨染 --- 桂 / 野宮 / 蠶 社 --- 雙 丘
白虎篇：野宮 --- 一條戻 橋 / 將軍冢 / 神楽岡 --- 大豊神社
玄武篇：北山 --- 東寺 / 神泉苑 / 音羽 滝 --- 剣神社
第十章：最後決鬥。先和阿庫拉姆的黑麒麟惡鬥一番，戰勝後，阿庫拉姆會讓蘭召喚黑龍