目前醫學領域的發展越來越離不開電子顯微鏡，隨著電子顯微鏡的越來越科學精密，現在電子顯微鏡在其中發揮了越來越重要的作用。
最常見醫學上的應用為：
1、用電子電子顯微鏡描繪神經迴路
2、電子顯微鏡觀察DNA形態
3、掃描軟骨細胞的電子電子顯微鏡影象
4、通過電子電子顯微鏡發現動物腎臟早期纖維化
5、可觀察真核細胞的細胞器
而且電子電子顯微鏡能見到，納米(mm)級別。用於區分各種病毒的形態和大小病毒的種類,也可以進行分子間力的測量，可控性分子操作等多個領域。
電子顯微鏡，能夠把生物醫學的研究，從巨集觀水平發展到微觀水平。原來人們利用光鏡可以看到動植物的細胞和許多微生物等，但因受其自然光線波長的限制，使其解析度很難滿足人們揭示超微觀結構奧祕的需要。有些學者就通過對電鏡應用，研究了大多數有關疾病的超微病理結構，積累了許多資料，從而為將電鏡用於各種臨床疾病的病理診斷打下了良好的基礎，使病理學的研究提高到了一個新的水平。目前電子顯微鏡病理診斷已廣泛應用於臨床病理診斷中，特別在傳統的臨床診斷手段中，對於原來無法確診的病例，電子顯微鏡就能發揮其重大的作用。
電子顯微鏡，利用其自身的優勢，在病理學中的應用較為廣泛，並不斷開拓著病理學的新領域。主要表現為從細胞、亞細胞的形態結構上闡明疾病的發生、發展及轉歸規律，豐富健全了傳統病理學的知識;通過對亞細胞結構和病原體的觀察，可診斷腫瘤疾病、腎小球疾病與其他一些細菌、病毒和寄生蟲疾病。近幾十年來分子生物學和免疫組織化學的迅速發展，為疾病做出診斷提供了許多新的手段。但隨著電鏡技術的不斷改良及與其他技術的緊密結合，使電鏡的診斷水平又大大提高。目前的電鏡種類很多，有透射電鏡、掃描電鏡、掃描隧道電鏡、原子力電鏡等，但應用於臨床病理診斷中的主要還是透射電鏡和掃描電鏡。臨床病理診斷為最終診斷，所以在疾病的診斷和鑑別診斷中，電子顯微鏡起著舉足輕重的作用。
現在，電鏡不僅能在臨床病理診斷中的廣泛應用，而且不斷完善和豐富了病理學的內容，更加為臨床疑難疾病的診斷和鑑別診斷提供了更可靠的科學依據。隨著科學技術的迅猛發展，在臨床病理診斷中常規電鏡技術雖大量使用，但它也存在較大的侷限性，比如說，電競的觀察範圍比較小等。因此，在積極利用電鏡技術的同時，應積極與其他技術相結合，不斷改良電鏡技術，從而開拓電子顯微鏡臨床應用的新領域。
我們相信，在不久的將來，電子顯微鏡一定能夠在醫學領域大放異彩。
