宿主
1，HIV多重感染超感染也是用來指個體被多種HIV病毒株感染的術語。已有報道個體可被HIV-l和HIV-2同時感染，但是感染髮生的時間(例如，同時
還是繼發)是一個重要的問題。是發生超感染還是雙重感染需要有伴侶提供第二種病毒的證據。另外，在傳播初期兩種病毒都可能存在，但是直到晚期才會明顯。在一個接受同時獻血的嬰兒中，發現了兩種不同的HIV-1病毒株和重組病毒株。後者很可能反映了一個細胞的共感染。相反，在雙重暴露的成人中，僅僅查出一種HIV-1型。這可能與相對的病毒載量或宿主對特定病毒株感染的敏感性不同有關。
在體內被一種以上HIV-1病毒株感染的情況還較少被報道或臨床還很少見。然而，分子研究表明可能存在多種甚至可能達到3種不同HIV亞型的感染。在對HIV感染者的脾細胞研究中，觀察到每個細胞內平均有3或4個前病毒，並且發現大量存在廣泛基因變異的重組病毒的證據。這項證據提示，發生多病毒感染並且細胞被一個以上的病毒感染(能產生重組體)，很可能先於CD4的下調。然而，第二株或第三株病毒感染的時間和臨床意義是關鍵問題。通常只有一種HIV-1型別占主導地位並影響致病過程；在同一個體感染的早期和晚期階段，由PCR技術檢測出的可能是優勢毒株。
即使最初的感染與幾種病毒分離株有關(例如，接受許多單位因子Ⅷ的受血者或多次輸血)，以後常會出現一種優勢HIV一1病毒株並且在病理過程中起主要作用。即使存在其他的病毒株，也可能被主要病毒株和(或)宿主免疫應答所抑制或清除。殘留的不同病毒株最多成為病毒載量中很少的一部分，尤其是在淋巴結中如此。隨著時間的推移，可以看到迴圈病毒的波動，很可能就像在其他HIV感染中觀察到的那樣反映了免疫選擇。優勢病毒株出現的機制尚不瞭解，但這可能反映了抗病毒免疫不能有效地識別病毒，或者被其他病毒株感染的細胞死亡而使替代的病毒型在更多的細胞中有效傳播。
一些研究報告指出，個體首先被HIV-2感染與隨後發生的抗HIV-1感染有關但對此問題尚有爭論，並且這種現象也不常被見到。在對恆河猴的研究中發現了一些令人振奮的證據：血清陽轉的猴能對第二次病毒的攻擊產生保護。免疫反應好像起到很重要的作用。然而一份值得注意的報告稱，恆河猴的SIV超感染再次激活了最初用來感染動物的HIV-2。HIV-2和SIV都存在，但動物卻未發病。我們已經在狒狒先後被不同的HIV-2病毒感染的過程中觀察到相似的現象。
2，超感染的流行目前，和其他病毒感染一樣，超感染可以在體內發生，但是受到宿主免疫反應的影響(例如，不成熟或降低)。從感染者體內分離的PBMC中得到了被HIV感染，但是不產生病毒的CD4表達細胞。可見，這些代表了短期攜帶病毒的未活化、被CD8+細胞抑制了病毒複製的細胞或者含有潛伏期HIV的細胞。這些細胞可以在最初感染病毒被丟失或抑制或HIV產生之前被超感染。結果產生的子代病毒顆粒可能由混合表型的顆粒組成，甚至產生重組病毒。
病理報告表明，在初始感染後後可發生超感染，一些情況能影響這一過程。黑猩猩能被超感染，這些結果很可能反映了動物體內初始感染病毒的有限傳播及隨後受大劑量的第二種HIV病毒株和感染細胞等攻擊的過程。然而，已經觀察到黑猩猩可抵抗異種病毒的侵入。
最近，人體內發生超感染的可能也被越來越多地認知。在一項針對超過1OOO名靜脈吸毒者(IVDU)的擴充套件研究中，跟蹤了126名最近血清陽轉的感染者，其中2O％被B亞型病毒感染，8O％被重組病毒E亞型感染。沒有發現雙重感染。1年以後，每1OO個人年發現有1，5％～3，9％的超感染髮生，說明這個過程在HIV高危人群中並不是不常見。另外，感染的靜脈吸毒者也是一個病人中出現瞬時超感染的證據。而且，研究報告感染者在初始感染期間以每年5％的速度流行。
在某些情況下，在初始感染期間血清陽轉後不久可能發生超感染。可見，最初的免疫反應不足以阻止隨後發生的感染。一個感染者在急性HIV感染後很早就進行了治療，而隨後仍發生了超感染，由此可以推斷出免疫反應在阻止超感染方面的重要性。儘管有重要的CD8+T細胞抗病毒反應，但超感染病毒似乎能抵抗這種免疫反應。抗病毒治療據說能減弱抗HIV免疫反應，可能會使個體對超感染更敏感。然而，一項對恆河猴進行的抗病毒治療研究表明，在初期感染進行治療能抵抗隨後的異源病毒的攻擊。
在喀麥隆的又一項研究發現了一些包括HIV一1亞型(A、C、D和E)和HIV一2亞型的混合感染。這些混合感染可能代表了共感染而不是超感染，但是強調了重組和發展新HIV毒株的特別的可能性。在最初被一個亞型感染的個體內發現了重組病毒，表明感染者中發生了細胞水平上的超感染，因為重組只能在細胞內發生。
一項針對l4對HIV血清型一致伴侶的研究結果與初期感染的發現相反，這些人面臨再次感染的高度危險但未發現超感染。在對37個HIV感染的靜脈吸毒者治療後1～12年的治療過程中取樣研究有相似的發現。似乎與一個層次的抗超感染保護有關。而且，在一項對1718名感染者進行的研究中，在對107名個體進行觀察的第一年未發現超感染。所有這些觀察表明，超感染在慢性感染中不常見但可以發生在初次感染。