水環境與陸地環境迥然不同。水環境具有流動性、溫度變化平緩、光照強度弱、含氧量少等特點。水生植物在長期演化過程中，形成了許多與水環境相適應的形態結構，因而能夠繁衍自己，並在整個植物類群中佔據著一定的位置。
水環境的光照強度微弱，所以水生植物的葉片通常較薄，有的葉片細裂如絲或是呈線狀；有的呈帶狀；有的葉子寬大呈透明狀，葉綠體不僅分佈在葉肉細胞中，還分佈在表皮的細胞內，並且葉綠體能夠隨著原生質的流動而向迎光面，這樣就可以有效地利用水中的微弱光照進行光合作用。
水環境中的含氧量不足空氣中的1／20，為了適應缺氧環境，水生植物都具有發達的通氣系統。蓮藕葉片的氣孔可通過空氣中的氧，氧進入葉片，其氧濃度高於蓮藕各個器官的氧濃度，氧則通過葉柄那四通八達的通氣組織向地下擴散，以保證地下器官的正常呼吸和代謝的需要。這種通氣系統屬於開放型的。金魚藻的通氣系統則屬於封閉型的，植物體內可貯存自身呼吸時釋放的二氧化碳，以供光合作用的需要，同時又能將光合作用所釋放的氧貯存起來，以滿足呼吸時的需要。
水生植物體細胞間隙很大，巨大的空腔構成連貫的系統並充滿空氣，既可供應生命活動需要，又能調節浮力。
水生植物很容易得到水分，因此它們的輸導組織的維管束都表現出不同程度的退化。根一般不發達，葉表面沒有角質層加厚、蠟質或栓質。水分充足對水生植物是個有利條件，但水過多也會產生不良後果，所以水生植物都具有排水器，它既能把多餘的水排出體外，又能源源不斷地得到水體的無機營養物。
許多沉水植物體形的大小均隨水的深度而變，例如狐尾藻在10釐米深的水中，它只有10釐米高，節間非常短，但在2米深的水中，其植株可高達2米以上。植物對水深度的適應性非常強 。
由於有豐富的水，所以水生植物的營養繁殖佔重要地位。被折斷的金魚藻、水浮萍等都可以長成新株，蘆葦和蓮的根狀莖也能產生新株，有的通過特殊的冬芽來繁殖。水生植物也可以進行有性繁殖。
許多水生植物的種子和果實是通過流動的水傳播的。如芡實的果實裡有較多的種子，每粒種子的外面包著兩層發育良好並充滿空氣的假種皮。當果皮腐爛後，種子散出浮於水面，隨水漂流，直到假種皮破壞，才失去浮力沉於水底，在泥中越冬，翌年發芽生長，在新的領域中發展。