人類、星靈和異蟲，這三個強大而風格又截然不同的種族之間再次出現衝突，並繼續沿襲快節奏的即時戰略遊戲風格，書寫星際爭霸的新篇章。每股勢力為了自己的生存都經過了重新設定，並且都加入一些新的單位，同時部分經典的單位也都進行了改良。
人族
人類背景
人類算是Koprulu星區裡比較新的移民了。數世紀前一批反對者曾被地球政府如同貨物一般地裝進移民船發射到太空進行了一次非常失敗的長距離探險，人類正是這些人的後代。此次探險的生還者們最終建立了三個殖民星球同時也是人類空間的主要權利集團：聯邦政府、Kel-Morian聯盟、Umojan保護國。腐敗無能的聯邦政府在異蟲的入侵所引發的騷亂中，被恐怖分子或者叫革命先鋒的阿克圖拉斯·孟斯克所推翻。人類帝國從舊聯邦的灰燼中誕生了，由唯一的統治者Arcturus一世所統治。人類已經被迫適應了這個大部分都極為荒涼的星區，他們成為了生存的王者。由於既沒有高度發達的科學技術做支撐，也沒有強勁的身體素質為依靠，人類軍隊是由各種各樣的單位混合而成的。從像陸戰隊這樣雖然基礎但有效的單兵到有著重裝甲的戰列巡洋艦，人類單位憑藉著可靠的裝甲、強大的火力和眾多的數量以維持戰線。人類軍隊在有著碉堡和攻城坦克支援下的防禦作戰中更是能大放異彩。
人族英雄
吉姆·雷諾[7]，原隸屬聯邦。當異蟲首次入侵瑪薩拉時，他正擔任該行星的行星總長。雖然他與入侵者進行了殊死搏鬥，也拯救了無數生命，可結果卻被聯邦以曾於死水站“破壞聯邦財產”的莫須有罪名逮捕。他隨後為阿克圖拉斯·孟斯克轄下的一支反聯邦組織——克哈之子所救，遂選擇協助該組織。
可是首領孟斯克對權力的渴望和對道德的不斷選擇性盲目很快令雷諾陷入了疑慮。此後，孟斯克背叛了他手下的中尉沙拉·凱瑞甘，並操縱異蟲慘無人道地橫掃了聯邦世界。雷諾終於認識到，孟斯克其實並不比他要推翻的聯邦好上多少。因此雷諾在克哈之子中發動了一場起義，並奪走了孟斯克的旗艦——休伯利安號，以及一整支小型艦隊。當他前往查爾行星試圖拯救凱瑞甘時，與英勇的星靈執行長塔薩達不期而會，並贏得了後者的尊敬。雷諾的坦率和忠誠也影響了塔薩達和黑暗聖堂武士澤拉圖，使兩人拋棄前嫌，成為了私交好友。
在此後的幾場戰役中，雷諾的部隊一直與星靈並肩作戰，並在後來粉碎地球聯合理事會入侵行動的戰鬥中扮演了關鍵角色。命運的作弄使雷諾與孟斯克和刀鋒女王（凱瑞甘被異蟲主宰所改造而成的新存在）再次結成了臨時同盟。雖然這兩名暴君合力對付起了共同的敵人，但對於這個脆弱聯盟來說，崩潰也只是時間問題。最後，凱瑞甘首先翻臉攻擊友軍，致使雷諾的不少弟兄死在她的背叛行徑下。
雷諾僥倖逃過了這場屠殺，併發誓終有一天會為大家復仇。話雖如此，面對無盡的異蟲蟲群和刀鋒女王本人強大的精神力量，他的機會微乎其微。最終，幻滅的雷諾只得重返人類領地，轉而去遏制阿克圖拉斯·孟斯克的權力和領土擴張。可是數年以來，他的鬥爭一直陷於低谷，阿克圖拉斯·孟斯克用盡自己所有手段——辯才，媒體，宣傳——來將雷諾的努力邊緣化。
雷諾的游擊隊依然是人類帝國頭號公敵。孟斯克將雷諾的存在視為對他權威的挑釁。不過，孟斯克也怕暗殺對方反而會令雷諾成為輿論上的烈士，因此他選擇設法對Raynor和其追隨者不斷施以打擊，不給他們任何修整和積攢實力的機會。
數年的小規模衝突，對比起帝國無窮無盡的資源來說幾乎無所成效，在這個現實面前，雷諾的部隊漸漸成為了他們往日榮耀的一個陰影。在這個黑暗的時期，雷諾也不得不選擇偶爾接受僱傭委託，靠掙來的錢支撐修整和供養的開支。要支持他的全套班子繼續運作下去，可能意味著未來需要接受更多此類委託。自由可不意味著免費。
如今雷諾的信仰似乎漸漸地被現實所吞噬：他開始酗酒，並認為凱瑞甘的轉變全是自己的過錯。他對阿克圖拉斯·孟斯克的憎恨也積累成了一個不可癒合的膿瘡。然而即使在這個雷諾的自我懷疑開始影響整個班子的時期，他手下的大副，瑪特·奧納，依然毫無保留地信仰著雷諾和他的革命。這幾年來奧納不畏辛苦，操持著組織的運作，堅信雷諾天生的英雄氣概終會再次浮現，領導他們走向勝利。
雖然沒有任何的背景和靠山，也沒有經過任何的專業訓練，雷諾卻是一名傑出的領導人和戰略家。他的能力全部來自於經驗，所以不受任何“書本上”先入為主的對錯概念所束縛。雷諾很少制定鉅細彌遺的作戰計劃，卻長於應變，並多次靠著手頭僅有的東西逆轉局勢。
雷諾也是一個有過去的人。他結交了聲名狼藉的囚犯泰查斯·芬得利。近二十年前的聯邦/Kel-Morian聯盟的行會戰爭中，兩人共同服役於321號殖民地“天堂之魔”遊騎營。他們第一次見面的原因是因反抗上級而在McIntyre營禁閉室的30天禁閉。
隨後舞臺轉至瑪薩拉戰場，在一次針對Kel-Morian聯盟領地的偵查行動結束後，兩人都被列入失蹤人員名單近九個月。戰後，芬得利成為Kel-Morian聯盟交換戰俘的一員回到了聯邦。很快以火線叛逃的罪名下獄。具體雷諾是怎麼逃過同一命運還混到行星總長一職的尚不得而知。
星靈
星靈背景
有著高度發達的科技和強大靈能的星靈人曾一度認為自己是宇宙中最強大的種族。但與異蟲之間的戰爭卻證明了另一點：即使是最為強大的戰士也不能憑一己之力戰勝數量如此之大的敵人。這個教訓是很難令他們接受的，因為他們社會體制所依附的哲學基石已經毫無動搖和改變地延續了千年。然而，異蟲對星靈家園艾爾的入侵已經將他們種族帶到了一個十字路口：想要生存和勝利，就必須作出改變。新的戰術和技術已經引入到對異蟲的絕地作戰中，而一批過去被星靈人所禁用的遠古毀滅性武器也已被解凍。星靈一直就不是一個人口眾多的種族，向來是以各式自動作戰機械來彌補人數的不足。單個的星靈戰士有著卓越的戰鬥技巧，同時科技與強大靈能的結合又極大地提高了他們的戰鬥力。但是，星靈必須利用機動性來突襲敵人以最大限度地發揮他們的特長並避免被拖入消耗戰。其中，以他們由多艦種組合而成的艦隊最為可怕，強大的火力足以將敵人轟回原子形態。
星靈英雄
澤拉圖作為一個著名的黑暗聖堂武士，澤拉圖是精通心靈力量的戰士和殺手。他的先祖在大約一千年前自星靈的家園艾爾行星流放在外。黑暗聖堂武士們拒絕融入星靈共同的心靈鏈結，即卡拉之道中，他們更強調獨立意識的發展。澤拉圖擁有高階教士的頭銜，不過他更為人所知曉的事蹟便是在異蟲的威脅顯露萌芽的時候，確保了星靈一族的最終倖存。
當澤拉圖和執政官塔薩達在查爾行星上第一次碰面的時候，是澤拉圖糾正了塔薩達的偏見，並以此為起點開始彌合在艾爾星的星靈與黑暗聖堂之間的裂隙。澤拉圖又是第一個消滅異蟲腦蟲的武士，儘管在此之前，世間一般都認為腦蟲是永生不死的。而最重要的是，是澤拉圖伴隨著塔薩達一起回到了艾爾，並立刻著手讓分裂成兩半的星靈一族重新聯合，並且推翻了執行高壓政策的仲裁議院。在蟲族大軍入侵艾爾期間，澤拉圖和塔薩達並肩作戰，試圖摧毀異蟲主宰。之後又隨著異蟲逐漸侵佔整個艾爾行星，澤拉圖又幫助星靈逃離這顆行星。當異蟲大軍尾隨星靈難民到達黑暗聖堂的家園沙庫拉斯後，澤拉圖又參與了找尋失落水晶Khalis和Uraj的行動，而在這兩顆水晶的作用下，星靈成功地激活了薩爾納加神廟，一舉掃清了入侵者。接著，當黑暗聖堂執政官Ulrezaj威脅要消滅那些“褻瀆了”沙庫拉斯星的來自艾爾的星靈時，澤拉圖在粉碎Ulrezaj陰謀的過程中起到了關鍵性的作用。
但是澤拉圖身上也承擔了許多可怕的重負。在消滅蟲巢腦蟲Zasz的戰鬥中，澤拉圖意外地和主宰建立了短暫的心靈聯繫。儘管他由此瞭解到了主宰不為人所知的祕密動機和計劃，主宰也從他那裡得到了艾爾星的位置，因此就埋下了艾爾毀滅的種子。此外，澤拉圖和刀鋒女王之間還有一段慘痛而漫長的過往。在主宰死後，刀鋒女王試圖控制所有蟲族而消滅殘餘蟲巢腦蟲的過程中，澤拉圖曾經不止一次被她所利用，而且每次都被她背叛出賣。 星際Ⅱ遊戲原畫(10張)?
而作為刀鋒女王陰謀的一部分，她還控制了澤拉圖所敬愛的女族長拉薩加爾。澤拉圖之後營救了女族長，但是他很快發現拉薩加爾已經遭受了無法挽救的腐蝕。他被迫悲哀的親手殺死拉薩加爾以避免她繼續淪為刀鋒女王的掌中玩物。當死亡最終解放了拉薩加爾的靈魂之後，她感激澤拉圖的舉動，並指定他為黑暗聖堂的領導人。但澤拉圖認為自己並不適合接受這個榮譽，而且他的靈魂也因自己過去的經歷而傷痕累累。
此時，他正在處理一個更緊要的事務：儘快和那些從刀鋒女王的背叛陰謀下倖存過來的星靈建立聯繫。他追蹤著星靈的能量信號一直到達一個偏僻的衛星，因為他希望能夠和這些同志聯合在一起共謀大計。但他沒有發現他的星靈族人，而見到了先前為女王效勞的間諜——迷一樣的薩米爾·杜蘭。他正致力於培養星靈和異蟲的雜交生物。儘管澤拉圖摧毀了整個培養設施，但杜蘭聲稱這只不過是許多培養設置中的一小部分。而且杜蘭還聲稱在無數個世紀中，他以許多名字混跡於世間各處，他也並不是效忠於刀鋒女王，而是另一個“強大得多的力量”。澤拉圖為自己所見到的一切深深困擾，帶領著為數不多的追隨者自我流放。他持續不斷地搜尋著答案，他想知道杜蘭的真實身份究竟是什麼，還有，杜蘭的所作所為到底會帶來怎樣的黑暗未來。
異蟲
異蟲背景
異蟲是一個完全不同於人類和星靈的種族 。它們的種群是通過感染其他種族而組成的。為了達到異蟲統治一切的目的，這些生物一經感染，就會有選擇性地迅速進化為有效而致命的殺戮機器。異蟲不需要利用科學技術來製造武器、裝甲或者飛船，取而代之的是，這些功能都通過生物的適應性和有計劃的突變有效地實現。甚至於異蟲的建築物也是一些依附於巢穴附近的不斷生長的有機體組成的有專門功能的器官。 當異蟲剛剛到達Koprulu星區時，他們還是處於一個異蟲的集體意識——主宰的絕對統治之下。主宰通過一些低級的意識體從根本上指揮著蟲群裡的每一個異蟲的行動。首要的也是最重要的紐帶就是腦蟲，每一個腦蟲被委託直接控制蟲群的一個相當大小的部分。而宿主則是執行腦蟲的命令，負責在巢穴和戰場上直接指揮和控制大部分的異蟲。儘管主宰的首要目的是要消滅高度進化的星靈種族並吸收他們的基因，不過它還是在人類身上發現了十分有用但尚未開發的東西。在感染了一個擁有強大幽能的人類——薩拉·凱瑞甘之後，主宰進化出了一個全新而獨特的生物——刀鋒女王。當主宰在入侵艾爾時被星靈摧毀後，刀鋒女王操縱黑暗聖堂武士消滅了其餘活著的腦蟲，並最終統治了蟲群。
異蟲英雄
沙拉·凱瑞甘作為一個被Arcturus Mengsk從聯邦手中救出來的幽靈，Sarah Kerrigan加入了the Sons of Korhal反抗組織。在表現出足夠的勇氣和成功運用各種戰術後，Kerrigan成為了Mengsk的重要助手。
在Antiga Prime星的革命中，Kerrigan和Jim Raynor(對她有著深切的同情，或者更深的感情)成功地消滅了當地聯邦的主要力量，解放了殖民地。但是隨著局勢的變化，一種叫做異蟲的外星生物入侵了這個星球。Mengsk企圖利用這種局勢，他命令Kerrigan將幽能發射器（從聯邦偷來的一種可以指引星球間異蟲的裝置）放置在聯邦基地。異蟲蜂擁而至，蕩平了聯邦軍隊，Kerrigan離開的同時看著由她引起的這場屠殺，對自己充滿了厭惡感。
The Sons of Korhal的下一個目標是進攻Tarsonis（聯邦首都）。在擊敗了聯邦軍隊後，Mengsk卻下令在Tarsonis上安置幽能發射器。於是無數的異蟲到達了這個星球，為了消滅這場蟲災，星靈開始介入了。眼看著局勢要發生轉折，Mengsk交給了Kerrigan一個自殺式的任務——保護異蟲的蜂巢不被星靈攻擊，最終她完成了這個任務。但是，在請求緊急撤退之後，Kerrigan卻發現自己已經被Mengsk丟棄在了這個星球上。也許Mengsk利用、瞭解了Kerrigan的力量後，認為她將會是他今後計劃中的巨大威脅。事後，Jim Raynor和他的部隊脫離了the Sons of Korhal。
Kerrigan被異蟲捕獲了，包在一個保護繭內被運送到了Char。在繭中如同夢魘般的日子裡，Kerrigan慢慢進化成了異蟲的強大武器——刀鋒女王。她利用心電感應向Jim Raynor求救。不幸的是，Jim Raynor的動作太慢了。刀鋒女王已經破繭而出。
刀鋒女王冰冷地凝視著她的“救星”。她再也不是曾經那個Kerrigan了，她的身體已經發生了顯著的變化：有著保護殼一樣斑駁的皮膚，如同群蛇般的頭髮，還有一對骨翼（用作格鬥武器）。只有她人類的體型、相貌、語言能力、智慧、心靈能力和以往的記憶留存了下來。因為Raynor並沒有對她造成什麼威脅，她讓他安然無恙地離開了。
Kerrigan服從於主宰，她可以表達自己的想法，但是她的思想像其他異蟲奴僕一樣被牢牢地控制著——主宰相信她勇武的精神可以給整個蟲群做出表率。在她得到新生後不久，主宰要求讓她潛入一艘人類的科學船——Amerigo，去進一步探明人類訓練幽靈的祕密。隨後，Kerrigan又習得了很多技能，例如心靈風暴，並且她還能夠在Char星上感應到星靈的存在。她感應到了Tassadar的所在並去追殺他，但這只是Tassadar為了將她的注意力從星靈的黑暗聖堂武士Zeratul身上引開而設定的一個計謀。結果，Zeratul刺殺了一個名為Zasz的腦蟲。但是當Zeratul的幽能刀刺傷到Zasz時，主宰通過這次接觸感應到了星靈的母星Aiur星的位置，然後遣送異蟲的主力部隊入侵了Aiur星。Kerrigan則留在了Char星上來對付剩餘的星靈和Raynor的部隊。在入侵Aiur星期間，主宰被殺死了，Kerrigan開始獲得大部分異虫部隊的控制權，並且策劃著一場針對Tarsonis事件的復仇。
在母巢爭霸中，刀鋒女王已經控制了異蟲的大半部分力量。Daggoth和其他的腦蟲，看到自己正在失去對蟲群的控制，便合體組成了一個新生主宰。Kerrigan來到了遙遠的黑暗聖堂武士的家園Shakuras星，通過感染，控制了黑暗聖堂武士的女領袖Raszagal，她操縱著Raszagal，聲稱她沒有被主宰控制，然後提議組成一個聯盟來獵殺她在蟲群中的競爭對手。最後，所有拒絕接受Kerrigan領導的腦蟲都被幹掉了。但是Zeratul無論如何都不能信任她，並拒絕刺殺新生主宰。
Kerrigan要利用剛加入戰場的地球聯邦軍控制新生主宰的計劃來剷除所有競爭對手，她遊說Mengsk，Raynor和星靈的Fenix組成了一個聯盟。Kerrigan在地球聯邦軍的內部還留有一個名為Samir Duran的臥底，他也同時在從內部破壞地球聯邦軍。在Korhal星的一場勝利之後，刀鋒女皇背叛了她的盟友——當他們正在休整的時候，她攻擊了盟友的軍隊，並殺害了Fenix和Mengsk的大將。
之後不久，Kerrigan在Shakuras星“抓獲”了Raszagal，並要挾Zeratul——如果他不去刺殺新生主宰，他將再也不會見到他的領袖。在這兩難之間掙扎了許久之後，Zeratul最終還是同Kerrigan刺殺了新生主宰和剩下的腦蟲。不幸的是，Kerrigan已經完全控制了Raszagal，這個黑暗聖堂武士的領袖自己拒絕同Zeratul離開。Zeratul於是將Raszagal囚禁在一個監牢中，希望能夠醫治好她。不久，Kerrigan帶著她的部隊打破黑暗聖堂武士的防禦，與Zeratul在監牢前相遇了。在看到Zeratul絕望的殺掉Raszagal之後，Kerrigan將Zeratul放走了，她要看著他在悲痛和自責中糾結。
在母巢爭霸的最後，刀鋒女王面對的是攻向Char星的地球聯邦軍、星靈艦隊和Mengsk的部隊所組成的最終復仇勢力。結果又一次，Kerrigan所領導的異蟲完全掃平了所有的敵人，這使得Kerrigan成為了世界上最強大的領導者，她的仇恨，她的恐怖，為異蟲這個種族在戰爭中取得了優勢。