玉髓因晶體內含有的礦物質不同，所以呈現各種不同的顏色。通常根據顏色的種類，將玉髓分為紅色、肉紅色、黃色、紫色、綠色、藍色和黑色。各種顏色不同，種類特徵也不一樣。
紅玉髓的晶體內含有鐵氧化物，所以晶體呈現橙紅色至紅色的半透明狀。上好的紅玉髓晶體透明、質地細膩，色澤濃厚純正，輕輕的敲還會發出悠揚的聲音。 肉紅色玉髓和紅玉髓有點相似，但是相較而言，比較暗和略顯棕色。纏絲瑪瑙是肉紅玉髓條帶和黑白層相間的瑪瑙。長期以來，肉紅玉髓被認為是分享智慧的寶石，佩戴它可以給人帶來勝利和幸福。 黃玉髓的礦產十分的稀少，是玉髓中比較罕見的顏色。其中金色透明的金水晶菩薩最為珍貴。金色象徵著財富，所以深受商務人員、白領、商人的喜歡。 紫玉髓色澤豔麗，顏色呈深紫，遠高於紫水晶色澤。紫玉髓礦主要分佈在黑龍江省，礦脈裸露未探。 綠玉髓清爽的翠綠色像植物一樣生機勃勃，給人希望。色澤和外表十分的像翡翠，所以深受大家的喜歡。但是和翡翠相較，價值相差甚遠，綠玉髓是屬於低檔寶石。 藍玉髓象徵著信任和仁愛，作為廣泛使用的彩色寶石，具有很高的地位。佩戴它能夠塑造健全的人格，使人心胸豁達開朗，幫助人加強人際關係和佩戴者的交際能力。同時還能幫助佩戴者消除煩惱和不安的情緒，除去偏見。 黑玉髓的形成環境溫度相對較低，所以內部含有其他大量的礦物元素。黑玉髓是較為常見的玉髓顏色，因晶體內含有大量的鐵、鉀、硒等化合物而呈紫黑色、深黑色等。