故事發生在前作《魂鬥羅》之後的一年。公元2634年12月，地球聯邦南美GX軍第7方面軍在舉行軍事演習時突然發出求救訊號，聯邦軍在分析之後認為是「紅色獵鷹」的殘黨和外星人所為，於是，魂鬥羅小隊的上等兵比爾·雷澤和蘭斯·比恩再次出擊。
主要講各關注意事項和boss打法
工具/原料
鍵盤
電腦
方法/步驟
第一關：空軍基地的大型飛機。很簡單，沒有好槍的話估計得讓它放出一隊人來，但也沒什麼難度。唯一需要注意的是從畫面兩側突然蹦出的敵兵。如果不允許不消滅地面凹陷處的紅衣槍手，那這關將是超級魂鬥羅中最強的BOSS了。
第二關：炮臺陣地的三人組機器裝置。正面與它對攻，它確實很強悍：移動靈活，炮彈密集，射速快。前方還有兩個帶電的尖刺能夠伸出攻擊。可一開始就走到綠衣人的後面，有好槍的話幾秒鐘之內就能消滅；沒好槍只需注意一下左右閃避（不讓被BOSS撞死），十來秒也就結束了。這BOOS確實很冤。
第三關：叢林基地的機器蜘蛛和四眼炮。機器蜘蛛做為小BOSS登場，難度不大，趴起幾次就可將其消滅；大型裝置上的四眼炮為本關最終BOSS，移動靈活，發炮快且密集，又很耐打。關鍵是主人公的躲閃空間不是很大，很容易被亂彈射死。
、第四關：實驗基地的鐳射發射器。該BOOS的移動和攻擊的速度都很快，也很耐打，開始確實不容易應付。但它的作戰規律太明顯了，一旦掌握，消滅它非常容易，只不過多耗費些時間而已。
第五關：礁石島基地的骷髏飛行器。左右兩側能放出小骷髏頭攻擊主人公，速度快，不易躲；還會一次性發射多個帶有追蹤性質的飛彈，沒有好槍很難應付。
第六關：死亡地帶的多頭怪裝置和鬼頭。最終BOSS鬼頭雖然長相很恐怖，但實力卻不怎麼樣，不會移動（那條在兩個管道中移動的蛇完全可以無視），除了比較耐打之外一無是處。倒是小BOSS多頭怪裝置發射的子彈數量很多且速度極快，不容易進行攻擊。而且旁邊的管道里還有小蜘蛛游出，往往使人慌亂。
、第七關：地下陣地的大型骷髏裝置。能從左右耳垂不斷滴下紫色液體追蹤主人公，能放出很耐打且有追蹤性質的紅色死亡圈及追蹤飛彈。並且要先打胸再打頭才能消滅
第八關：睡美人基地的睡美人像。能夠大量發射飛彈，漫天花似的落下，使人疲於應付。不過應該飛彈沒有追蹤功能，故難度不大，耐心打掉，再對著睡美人像的天眼射擊，反覆幾次，就能消滅了。