《High Treason》新加入的海戰系統完全可以被當作一個完整獨立的現代海戰RTS遊戲。Eugen Systems為遊戲的海戰設計了十餘種新的作戰單位，比如塔拉瓦級航空母艦、颱風潛艇、SH-60海鷹反潛艇直升機、鷂式戰鬥機以及Zubr級水陸兩棲攻擊型氣墊船等等。海戰系統將使《High Treason》成為2006年一款相當有遊戲性的RTS遊戲。
為將海戰系統製作得更為真實，Eugen Systems開發了一系列專利性的新技術，比如即時物理技術可以模擬水波的波動效果和船的起伏效果，另外Eugen Systems反潛艇火箭、戰斧式巡航導彈、魚叉式反艦導彈等一系列導彈專門開發了符合彈道學的系統。最後，Eugen Systems還應用了法線貼圖和深度視差水面模擬波浪。