“低風險單證稽核”是指經H2000系統分析或經海關專業審單確定為低風險或未知風險，但涉及許可證或徵收稅費要求的貨物，申報人現場遞交紙質單證。現場接單稽核崗位關員根據風險提示稽核紙質報關單證及隨附單證（發票、體運單、裝箱清單、許可證等），完成許可證件核注、稅費徵收及放行作業。
其業務流程為：
申報人向海關申報機關申報報關單電子資料；
H2000系統完成電子審單後，經風險分析或經海關專業審單確定為低風險或未知風險且符合人工稽核紙面單證的，H2000系統向申報人傳送現場交單回執；
海關收取報關單證，按相關稽核要求進行稽核並徵收稅費、核注許可證件後直接完成驗放作業，對稽核過程中有疑問的，可退回企業修改或布控查驗核實；
H2000系統向監管場所和申報人傳送海關放行資訊