軟體著作權鑑定對軟體著作權侵權認定有非常重要的作用和意義，軟體著作權鑑定主要有5個流程，在各個流程中都有不容忽視的關鍵問題，本文在《軟體著作權鑑定5個流程與不容忽視的關鍵問題》的基礎上，繼續介紹軟體著作權鑑定的其他2個流程，以及在這2個劉流程中不容忽視的關鍵問題，具體如下：
工具/原料
軟體著作權鑑定
方法/步驟
第4個流程：軟體程式碼使用過程對比
在對軟體程式碼名稱進行對比後，下一個流程是對軟體程式碼使用過程進行對比，這可能會涉及到使用過程中的加密、解密過程。
不容忽視的關鍵問題之四：
雖然會涉及到加密、解密過程，但加密、解密過程本身不是軟體著作權鑑定的物件。軟體著作權鑑定的是具體的軟體程式碼，是能夠實質性影響軟體功能、軟體內容的程式碼，加密只是權利人的保護手段、解密也只是侵權人破祕的手段。加密、解密過程本身不是軟體程式碼對比要涉及的內容，也不是軟體著作權鑑定所針對的物件。因此，在對軟體程式碼使用過程進行對比時，需要注意對軟體程式碼使用過程中的螢幕顯示、功能、功能鍵、以往範例、使用方法等進行對比，特別是對於螢幕顯示，要仔細對其普通文獻、內容、下拉、選擇項、彈出選單的方位等進行對比。
第5個流程：軟體程式碼實質內容的對比
跟軟體程式碼實質內容對比相比，軟體程式碼名稱對比、軟體程式碼使用過程對比軟體程式碼形式對比，軟體著作權鑑定本質意義上的鑑定是針對具體軟體程式碼內容展開的鑑定，即對軟體程式碼實質內容的對比。軟體包含程式和文件，程式指為了得到某種結果而可以由計算機等具有資訊處理能力的裝置執行的程式碼化指令序列，或者可被自動轉換成程式碼化指令序列的符號化指令序列或者符號化語言序列，包括源程式和目標程式。
不容忽視的關鍵問題之五：
一般而言，除了開源程式外，源程式是不會帶外公開的，軟體的功能主要是通過源程式來實現，原始碼是軟體的核心部分，公開原始碼無疑就是公開自己的核心競爭力，讓競爭對手有了利用的可能，源程式是通過轉化為目標程式後，以目標程式的形式向外傳播。因此軟體著作權鑑定主要是針對源程式(原始碼)進行鑑定，在源程式無法獲取的情況下，對目標程式進行鑑定。
綜上，長昊律師認為，軟體著作權鑑定主要包含5個流程，分別是軟體程式碼的提取、安裝，軟體程式碼名稱和使用過程的對比，軟體程式碼實質內容的對比，由於軟體著作權鑑定的物件是原始碼，其次是目的碼，軟體著作權鑑定的目標是同一性鑑比對，因此，在進行軟體著作權鑑定時，需要區分上述5個流程，對各個流程的重要性區別看待，注意上述5個流程不容忽視的問題，才能更清晰看待軟體著作權鑑定。