懷孕的婦女在患有感染性疾病時也需使用抗生素。目前已知在妊娠期，絕大多數抗生素對胚胎及胎兒均有不良影響，因此，在選用抗生素時應明確其對二者的影響。
孕婦使用抗生素一般分以下幾種型別：一種是可用，對胎兒無損害或損害甚微；其次是慎用，對胎兒有損害，但必須用時可短療程、小劑量使用；第三種是禁用，對胎兒損害嚴重，絕對不能使用。下面就常用的抗生素分別予以闡述：
整個妊娠期都可使用的抗生素：青黴素類、頭孢菌素類、紅黴素和潔黴素，這四類抗生素在妊娠期使用，對胎兒一般不會引起不良反應。青黴素類藥物在使用之前必須做青黴素過敏試驗，以免發生藥物過敏反應。
整個妊娠期慎用的抗生素：氨基甙類藥物包括鏈黴素、卡那黴素、慶大黴素、丁胺卡那黴素，因對胎兒腎功能及聽力有損害，故慎用。如確需使用，應小劑量、短療程。
妊娠某階段禁用的抗生素：妊娠早期即妊娠12周內禁用氯黴素、乙胺嘧啶、利福平、磺胺藥等，妊娠28周後禁用氯黴素、乙胺嘧啶、磺胺藥和呋喃旦啶等藥物。氯黴素、利福平、乙胺嘧啶可致胎兒尿道和耳道畸形、耳聾、肢體畸形、腦積水、死胎及新生兒死亡。磺胺藥可致新生兒黃疸及溶血性貧血，呋喃旦啶可致新生兒溶血。
整個妊娠期禁用的抗生素：
1.多粘菌素、黏桿菌素等，對腎臟和神經系統有毒性作用，並能通過胎盤影響胎兒。
2.四環素是典型的緻畸藥，在孕早期它與鈣鹽螯合阻止鈣鹽進入軟骨和骨骼，導致胎兒四肢發育不良和小肢畸形；孕中期它抑制胎兒骨骼生長，導致胎兒發生先天性白內障、乳齒髮育異常，乳齒成黃色；孕晚期引起乳齒及骨骼四環素沉積而呈黃色，並可導致孕婦肝脂肪變性，故孕婦禁用。
3.甲硝唑（又叫滅滴靈），因其對胎兒有致畸作用，故孕婦禁用。
4.兩性黴素B、灰黃黴素等，對神經系統、血液、肝臟和腎臟有較大的毒性。灰黃黴素對胎兒有致畸作用，也可能引起流產。
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