宏基因組測序原理?

如何用宏基因組測序？ 10分

宏基因組即生境中全部微小生物遺傳物質的總和。它以環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象, 以功能基因篩選和測序分析為研究手段, 以微生物多樣性、種群結構、進化關係、功能活性、相互協作關係及與環境之間的關係為研究目的。宏基因組學技術第一次使人類得以研究佔環境中99%的不可培養的微生物種群，從而成為微生物研究的最前沿領域

對環境樣本進行DNA提取後進行16S或18S等區域擴增，再對擴增產物進行建庫、測序，然後對所得的數據進行生物信息學分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取樣充足性分析、丰度和多樣性分析、菌群間差異分析、假設驗證分析、進化樹分析等。

宏基因組測序都能得到那些結果？可以用於什麼研究？

宏基因組測序，是對特定環境（或者特定生境）樣品中的微生物群體基因組進行序列的測定，以分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與丰度，探求微生物與環境，微生物與宿主之間的關係，發掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因組測序研究避開了微生物分離培養的過程，擴展了微生物資源的利用空間，為研究微生物相互作用提供了有效工具。閱微基因採用第二代高通量測序技術進行宏基因組學研究，無需構建克隆文庫，可以直接對環境樣品中的基因組片段進行測序，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了宏基因組研究的基本操作，提高了測序效率，從而極大地促進了宏基因組學的發展。通過大量測序，可以獲得樣品的群落結構信息，如微生物物種在該環境下的分佈情況及成員間協作關係等，通過還可以確定一些特殊的主要基於或者DNA片段。對於多個樣品，還可做相應的比較分析，發掘樣品間的相同點與不同點。

宏基因組測序，可以用於疾病研究，微生物種群分析，環境多樣性分析，遺傳多樣性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因組測序

宏基因組分析和16srna的區別

功能基因芯和宏基因組測序的區別

基因組，Genome，一般的定義是單倍體細胞中的全套染色體為一個基因組，或是單倍體細胞中的全部基因為一個基因組。可是基因組測序的結果發現基因編碼序列只佔整個基因組序列的很小一部分。因此，基因組應該指單倍體細胞中包括編碼序列和非編碼序列在內的全部DNA分子。說的更確切些，核基因組是單倍體細胞核內的全部 DNA分子；線粒體基因組則是一個線粒體所包含的全部DNA分子；葉綠體基因組則是一個葉綠體所包含的全部DNA分子

轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。

從定義上看，很明顯，基因組一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而轉錄組則指的是RNA。

宏基因組測序和焦磷酸測序什麼區別

焦磷酸測序是454高通量測序平臺的測序原理，宏基因組測序是高通量測序的服務項目中的一種，就是對環境樣本中提取的總DNA直接進行測序，可以採用454或者Hiseq 2000 測序平臺進行測序。454讀長長，拼接效果比較好，但是費用比較高；Hiseq2000 讀長較短，但是通量非常高，費用比較低。你可以根據自己的科研目的和經費進行選擇。

16S測序和宏基因組測序有什麼區別

一、16S測序原理

16S rDNA基因存在於所有細菌的基因組中，具有高度保守性。然而該基因序列還包括9個高變區（V1-V9），通過特異性引物對某一段高變區（如V3區）或某幾段高變區（如V3-V4區）進行擴增測序，然後與數據庫比對，可特異性識別細菌種類。

二、宏基因組測序原理

將基因組DNA隨機打斷成若干條500bp的小片段（類似於拼圖中的單個形狀不一的模塊），然後連接接頭（雙端120bp），在片段兩端加通用引物進行PCR擴增測序。將reads進行組裝拼接（類似於將眾多模塊拼成一副完整圖片），得到基因序列，眾多基因構成完整的基因集。同時將獲得的reads片段或組裝好的基因序列與NCBI數據庫進行比對，得到物種註釋結果。

對於16S測序而言，任何一個高變區或幾個高變區，儘管變異性再高，對於某些物種來說，這些高變區也可能十分相近，而能夠區分它們的特異性序列片段有可能不在我們的擴增區域內。換言之，非全長的可變區序列覆蓋範圍不夠導致無法鑑定到種。

宏基因組在建庫之前會先將基因組DNA隨機打斷成若干小片段，而這些小片段中總有一些能夠包含區分2個物種的基因差異序列。由於測序深度足夠深，相當於覆蓋了整個基因組的信息，因此在與NCBI數據庫比對時，就能夠註釋到相應的種水平的物種。

請問有誰做過微生物宏基因組測序，公司反饋回來的數據都包含哪些，通常一個樣得多少錢？

數據內容：

1，原始的fastq文件。

2，數據分析報告：1，數據的質控 2，序列的拼接及拼接效果評估 3，對拼接contig序列的註釋

4，基因的丰度分析，門綱科目屬種的丰度分析 5，樣本之間差異gene的分析

6，差異基因的功能分析（GO，pathway等） 7，樣本間差異顯著的物種分析

8，如果樣本比較多可以組微生物類群結構分析。

價格方面可以私信我留個郵箱，我可以發你一些資料和價格。

為什麼微生物宏基因組 是否需要定量分析 小木蟲

為什麼微生物宏基因組 是否需要定量分析 小木蟲

宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能註釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網絡研究，探索微生物與環境及宿主之間的關係，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。