關於microRNA二代測序分析的流程一直沒有搞清楚，幸好看到了下面的文章，分享給大家一起學習。
方法/步驟
背景：
microRNA是一類大小為21-23nt的非編碼小RNA分子，其通過與mRNA相互作用影響目標mRNA的穩定性及翻譯，最終誘導基因沉默，調控基因表達，細胞生長，發育等生物過程。基於第二代測序技術的microRNA測序，可以快速鑑定出已知的microRNA，也可以預測出新的可能microRNA，並分析其差異，為研究microRNA對細胞進程的作用及其生物學影響提供了有力工具。這裡我們對microRNA二代測序結果的分析處理進行簡析，下圖能夠很清晰地說明microRNA二代測序結果的處理步驟。
microRNA長度分佈統計以驗證試驗可靠性：
應用fastx (fastx_toolkit)對測序原始reads進行預處理，去除接頭序列以及低質量序列。
microRNA 質量分析結果
比對註釋
將測序得到的序列與miRBBase以及其他非編碼數據庫ncRNA，pirna，Rfam數據庫裡的序列進行比對，對已知microRNA進行註釋
分類註釋
將測序得到的序列與物種所對應的基因組數據庫比對，對有註釋的reads的來源進行分類統計，鑑定並統計出已知的microRNA以及各種不同種類的RNA分子。 如圖，經過與數據庫進行分別比對，可以鑑定並統計出包括tRNA，rRNA, snoRNA, snRNA的數量及分佈。
新microRNA預測
對於未註釋上的序列，我們將其與該物種全基因組序列進行比對分析，通過摺疊模型預測新的microRNA，通過摺疊模型分析，若有序列位於莖環結構上，則初步判定該序列為一個候選的新microRNA。對於預測出的新microRNA，我們會統計並列出其所位於的染色體，起始位置，終止位置，正負鏈，以及數目，長度，GC含量，最小自由能等數值。
對於新microRNA，我們還會計算並繪製出其前體的二級結構，以及其與成熟microRNA之間的位置關係。
mircoRNA作用靶基因預測
採用miranda軟件，對microRNA序列以及對應物種的基因組cDNA序列進行可能的靶位點預測 Miranda軟件比對結果示意圖如下：
microRNA在正常發育過程以及疾病發生過程中具有重要的作用，在診斷和治療領域具有光明的應用前景。基於高通量測序平臺的microRNA測序技術突破了之前研究手段的侷限性，不但可以檢測到microRNA表達差異，而且可以研究microRNA的3’異質性，以及未發現的新的microRNA，為更加靈活、深入研究microRNA提供解決方案。上海豐核擁有強大的生物信息學團隊，能夠根據不同客戶的要求進行深入和標準的數據分析服務，提供能夠直接應用於文章發表的數據和圖表。有關更多的詳細信息可以查詢其官方網站。