古老漫長的地理變遷和相對封閉的自然環境，使神農架全境蘊藏著豐富的自然資源。
一是生物資源。
現有森林面積1618平方公里，活立木蓄積量2019萬立方米，實施"天保工程"後，森林年淨增長量29萬立方米。這裡有各類植物3700多種。有高等維管束植物119科、872屬、2671種，其中列為國家一、二級保護的樹種有39種。有各類動物1060餘種，其中兩棲類33種，爬行類40種，獸類76種，魚類47種，鳥類308種，昆蟲560種。金絲猴、華南虎、金錢豹、白鸛、白蛇、大鴇等67種珍稀野生動物受國家重點保護。神農架可入藥的動、植物達2013種。白化動物和千年相傳的"野人"之謎為世人矚目。神農架是名符其實的"物種基因庫"、"天然動物園"、"綠色寶庫"。
二是旅遊資源。
神農架儲存完好的原始生態與億萬年來形成的亙古地貌，孕育了眾多自然景觀，境內奇山異石、奇洞異穴、奇花異草、奇獸異鳥無處不在，無所不括。這裡山峰瑰麗，清泉甘冽，風景絕妙。神農頂雄踞"華中第一峰"，風景埡名躋"神農第一景"。紅坪峽谷、棕峽峽谷、關門河峽谷、陰峪河峽谷雄偉壯觀；龍泉瀑、香溪河、大九湖風光綺麗；燕子洞、冷熱洞、盛犀牛洞、潮水洞、令人叫絕。神農架獨特的生態旅遊資源使其成為開展觀光攬勝、度假休閒、探險獵奇、體育健身、科學考察、科普教育的理想場所和最佳去處。觀原始洪荒之貌，賞幽綠秀野之景，品神農文化之韻，探野人傳世之謎，成為神農架旅遊的精準概括。
三是水能資源。
神農架境內地表水資源豐富，溝谷深切，落差較大，發源於其區內的香溪河、沿渡河、南河、堵河4大水系年地表徑流量約22億立方米，水能蘊藏量達53萬千瓦，可供開發的27萬千瓦，現僅開發6.8萬千瓦。
四是礦產資源。
神農架全境礦產資源十分豐富，以磷、矽為大宗，磷礦儲量逾1.5億噸，且儲藏集中，礦體裸露，品位較高，運輸便利。