光學部件的表面落下塵埃極難清除，所以防止塵埃落入鏡筒、物鏡鏡體內部和一切光路管道內部極為重要。為此，顯微鏡操作者必須養成一種生活習慣:隨時隨地注意防塵。例如擰下物鏡時，必須將其旋座向下倒放在乾淨的檯面上，或立即裝入物鏡盒中；拔出目鏡後，隨手用鏡筒塞或乾淨紙帽蓋上鏡筒口；置換顯微照相暗箱、光電倍增器、光欄基座時，隨手蓋好連線口蓋，絕不留下跌入塵埃的空隙；拔出濾光片和插板時，即時堵塞插板孔。一旦發現透鏡、稜鏡和反射鏡等光學表面上有塵埃時，先用洗耳球反覆吹拂，直至完全消除塵埃顆粒為止。有些塵粉顆粒仍不脫落時，可用乾淨、幹操、細軟毛筆掃除乾淨。當然這種清除工作是極為麻煩的，特別需要耐心。絕不能用手指或粗布硬性磨擦。
光學具組表面沾汙油脂時，既要清洗油汙，同時特別注意保護鏡面的光學光潔度。最常要清洗的是油浸物鏡的前透鏡。每次使用此類物鏡完畢時，都要清拭乾淨，絕不能叫浸油乾涸在物鏡面上。為此最常用的方法是在擦鏡紙上滴一滴純淨二甲苯，放在物鏡前透鏡上輕輕地用手指壓著抽過擦鏡紙一次或幾次.對物鏡前透鏡絕不能用粗布用力擦拭，更不能用手指尖磨擦。粗布纖維和手指角化表皮細胞對於光學表面的損傷程度是非常嚴重的，光學表面磨出一條劃痕就足以干擾成像光束的同心性行程。
在日常工作中往往容易把乾燥系物鏡上也沾染鏡油，因此當發現顯微鏡視野不清晰時應該取下物鏡加以檢查。檢查方法並不複雜.首先取下物鏡用手把持物鏡，同時拿目鏡。物鏡的前透鏡向上，目鏡的接目透鏡向下，對準物鏡，在斜射光線下觀察物鏡是否沾汙，檢查結果說明油演已清除，但仍有二甲苯揮發後留下的彩紋時，可用柔軟的鹿皮輕輕擦拭。揉制好的皮皮的纖維遠比細綢布纖維柔軟。在日常工作中，常常遇到未經專門訓練的顯微鏡操作者用手指擦拭物鏡或用粗布粗魯地擦拭物鏡，這是絕對不允許的惡習。