一般來說，中醫診病很重視色診和脈診的結合應用，且能在客觀上大致反映出疾病的狀況。但是，欲從色脈來判斷病情的發展趨勢，則主要是運用五行的生克關係。如《醫宗金鑑。四診心法》指出：“色脈相合，已見其色，不得其脈，得克則死，得生則生。”即色脈相符，為病情發展正常；脈克色為逆；脈生色為順。如肝病，色青而見弦脈，是為色脈相符；如不見弦脈而反見浮脈（肺脈），則屬相剋之脈，即脈克色（金克木）為逆；若得沉脈（腎脈），即脈生色（水生木），則為順。此種判斷預後的生克關係，在臨床上雖然亦有一定的參考價值，但不能機械地套用。
五行學說用於臨床治療方面，則主要在於控制疾病的傳變和確定治則治法兩方面。
方法/步驟
控制疾病傳變
疾病的發生，主要在於機體臟腑陰陽氣血功能的失調。而臟腑組織的功能失調也必然反映於內臟生剋制化關係的失常。因此，疾病的傳變，則常是一髒受病而波及他髒，或他髒受病而傳及本髒。因此，在臨床上除對所病本髒進行適當處理外，特別應考慮到與其有關臟腑之間的傳變關係，並應根據五行的生克乘侮規律來調整其太過或不及，以控制或防止其疾病的傳變，使之恢復其正常的功能活動。如肝臟有病，則應經常注意強健脾胃，以防其傳變。脾胃不虛，則疾病不易傳變，且易於痊癒。故《難經》說：“見肝之病，則知肝當傳之於脾，故實脾氣。”
確定治則與治法
確定治則與治法主要是根據相生、相剋規律來確定某些治療原則和治療方法，主要內容包括如下幾方面：
①根據相生規律來確定治則治法：多用於母病及子或子病犯母（即子盜母氣）等病證。基本原則是補母或瀉子，即“虛則補其母，實則瀉其子”（《難經》）。
補母：主要適用於母子關係失調的虛證。如肺氣虛弱發展到一定程度，可影響及脾之健運，而致脾虛。脾土為母，肺金為子，土能生金，故可用補脾益肺方法進行治療，此即虛則補其母之含義。
瀉子：主要適用於母子關係失調的實證。如肝火熾盛，有升無降，出現肝實證時，可採用清心瀉火法進行治療。肝木為母，心火為子，故瀉心火則有助於瀉肝火，此即實則瀉其子之含義。
此外，運用相生規律來進行治療，除母病及子及子病犯母外，尚有單純的子病虛證，亦可運用母子相生關係，兼顧補母以加強其相生之力，從而有助於子髒虛證之恢復。
②根據相剋規律來確定治療原則：多用於臨床上由於相剋關係紊亂而出現的乘侮病證，主要有相剋太過、相剋不及和相侮（反克）之不同。其治療原則主要是抑強或扶弱，並側重於制其強盛，以使弱者易於恢復。此外在必要時，亦可在其強盛之一方尚未發生相乘病變時，利用相剋規律，預先加強其被克者力量，從而防止病情之發展。
抑強：主要適用於相乘或相侮病證。如肝氣橫逆犯胃或乘脾，出現肝胃不和或肝脾不調之病證，稱之為木亢乘土。治則應以疏肝、平肝之法為主。若由於脾胃壅滯，影響及肝，而致肝氣失於條達疏洩，形成土鬱病證，是為相侮（反克）病證，其治療則應以運脾和胃為主。總之，抑制其強，則被克者之機能自然易於恢復協調。
臨床上依據五行相生規律所確定的治療方法，常用者有以下幾種：
滋水涵木法：指通過滋養腎陰以養肝陰，從而涵斂肝陽的治療方法，又稱滋肝養腎法、滋補肝腎法、乙癸同源法。主要適用於腎陰虧損而致肝陰不足，甚則肝陽偏亢之病證。金水相生法是滋補肺腎陰虛的一種治療方法，又稱補肺滋腎法、滋養肺腎法。主要適用於肺虛不能輸布津液以滋腎，或腎陰不足，精氣不能上榮於肺，以致肺腎陰虛病證。
培土生金法：是指補脾益氣而達到補益肺氣的治療方法。主要適用於脾虛胃弱不能滋養肺臟而致肺脾兩虛之病證。