納稅人通過綜合申報模塊，可以對稅務機關已核定的徵收項目進行申報。主要包括：營業稅、非按年徵收的房產稅、非按年徵收的土地使用稅、城建稅、教育費附加、堤圍費、印花稅、帶徵個人所得稅、定期定額徵收企業所得稅、預徵土地增值稅、文化建設費、資源稅、屠宰稅等各項稅種（廣東省地稅直屬稅務分局徵收的上述稅種也包含在內）。
一、進入申報表
1、在納稅申報頁面，選擇“綜合申報”，如下圖所示：
2、根據納稅人是否有跨區申報兩種處理：
一、只有一個管理機關的：系統會默認本地申報，直接彈出申報表頁面；
二、存在多個管理機關的：系統彈出“本區申報、跨區申報選擇”頁面，如下圖所示，選擇好申報類型與對應的管理機關，點擊 確定 按鈕，進入申報表頁面，或者點擊 放棄 關閉退出。
二、填寫申報表
在綜合納稅申報表中填寫申報數據。（填寫規則與紙質報表完全相同）。
【填表說明】：
1.納稅人名稱：系統自動顯示，不可修改。
2.徵收項目：系統自動顯示，不可修改。
3.徵收品目：系統自動顯示，不可修改。
4.稅費所屬時期起：系統自動顯示，不可修改。（重複申報時可修改為當期）
5.稅費所屬時期止：系統自動顯示，不可修改。（重複申報時可修改為當期）
6.核定徵收額：系統自動顯示，不可修改。
7.填開發票額：系統自動顯示，不可修改。
8.申報計稅總額或總數量：納稅人填寫。
9.允許扣除金額或數量：納稅人填寫（按照規定準予扣除的項目）。
10.計稅金額或計稅數量：系統計算後顯示，不可修改。計稅金額或計稅數量 ＝申報計稅總額或總數量 － 允許扣除金額或數量
11.稅率：系統計算後顯示，不可修改。
12.應繳納稅額：系統計算後顯示，不可修改。應繳納稅額 ＝計稅金額或計稅數量 × 稅率
13.批准減免稅額：系統計算後顯示，不可修改。
14.已（抵）繳稅額：系統計算後顯示，不可修改。
15.本期應繳稅額：系統計算後顯示，不可修改。本期應繳稅額 ＝應繳納稅額 － 批准減免稅額 － 批准抵繳額
16.本期申報期限：系統自動顯示，不可修改。
17.本期繳款期限：系統自動顯示，不可修改。
18.備註：對於重複申報及逾期申報，給出提示。
19.管理機關：顯示核定稅種的徵收管理機關，主要供省直屬企業區分申報的管理機關，如例中最後一項營業稅顯示為：廣東省地方稅務局直屬分局一科，而非本地管理機關。
20.本期稅費合計：本期稅費的總和，計稅得出。
三、計稅
申報表相應數據填寫完成後，點擊 計稅 按鈕，系統將自動計算稅款，計稅後頁面如下所示。否則，點擊 清空 按鈕重新填寫報表或者點擊 放棄 按鈕退出申報。
五、提交申報
核對數據，確認無誤後，點擊 提交 按鈕，提交申報數據，系統提示申報成功（如下圖所示），則申報完成；否則點擊 上一步 按鈕修改申報數據或者點擊 放棄 按鈕退出申報。
申報成功的顯示頁面有2種情況，一種是非省直屬企業的，另一種是省直屬企業的。
1）非省直屬企業：
2）省直屬企業，在一個申報表內申報2個管理機關的稅，系統自動將其分成2個申報表，並生成各自的申報流水號分別顯示出來，如下圖所示，點擊 扣款 按鈕，可以同時將2筆稅款清繳扣除。
