《稅務稽查工作規程》中規定稅務稽查分為選案、檢查、審理、執行四個環節。四個環節互相制約，環環相扣，確保稅收檢查活動規範有序開展。
方法/步驟
選案環節。選案人員通過計算機選案、舉報案件、上級交辦案件、其他來源等方式確立檢查範圍和對象。每年下半年確立第二年的檢查計劃，並報上級機關備案備查。選案人員選好檢查對象後，分配給對應的檢查部門和人員，並制定《檢查任務分解書》和《立案審批書》下法給檢查部門。對於舉報案件，選案人員應為舉報人保密，並及時將檢查情況反饋給舉報人。
檢查環節。檢查人員向納稅人出示檢查通知書和檢查證，調取納稅人的相關賬簿憑證資料，實地調查納稅人的經營場所，對相關業務人員做詢問筆錄。對一些檢查中的疑問，會到相關單位進行調查，例如調取納稅人及相關人員的銀行賬號資金往來信息。檢查工作完成後，檢查人員將發現問題以簽證的形式下發納稅人，納稅人提出反饋意見後，檢查人員形成稽查報告，隨同相關證據材料組成案卷提交到審理環節。
審理環節。審理人員對檢查環節提交的案件進行審核。核實案件的違法事實是準確、證據是否確鑿、適用法律法規是否正確、程序是否到位、檢查人員是否有超越權限行為、當事人是否有請客送禮等不正當行為。完成審核後，如無退回補充檢查和重新檢查現象，製作《稅務處理通知書》送達納稅人，如果涉及處罰，還應制作《稅務行政處罰通知書》。處罰金額超過一定範圍，應通知納稅人有申請聽證的權力。納稅人接到通知書後，權利除斥期間過後，審理環節下達《稅務處理決定書》（可能還含《稅務行政處罰決定書》）。同時，向執行接環移送待執行文書。
執行環節。執行人員督促納稅人履行《稅務處理決定書》（可能含《稅務行政處罰決定書》）文書中載明的義務。如果納稅人超期不履行，又未申請納稅擔保，執行人員可以經所屬市稅務局局長批准採取稅收保全或稅收強制措施。在採取稅收強制措施中，一定要有兩名執行人員，嚴格遵守程序。執行完後，制定執行報告。執行的流程如下：
稅務稽查四個環節形成的案卷要整理歸檔。涉及行政處罰案件保管期限是30年，涉及刑事案件的期限是永久，其他的一般案件是10年。