在天然藥物提取過程中，一些雜質常給提取工作帶來比較大的麻煩，而且去除它們有時候又較困難，為此在提取之前採用適宜的方法就將雜質去除能夠大大簡化後續工作
方法/步驟
鞣質
明膠沉澱法：樣品水溶液加4%明膠水溶液，至沉澱完全，過濾，濾液減壓濃縮至小體積，加3-5倍酒精，使過量明膠沉澱，然後濾去沉澱。如果過量明膠尚未除盡，可將濾液濃縮後，再用酒精沉澱一次。
生物鹼沉澱法：常用的是咖啡鹼，其他生物鹼及吡啶也可用。樣品水溶液加入1.5%咖啡鹼水溶液至沉澱完全，過濾，濾液用氯仿振搖，除去過量的咖啡鹼，即得除去鞣質的水溶液。
醋酸鉛沉澱法：試液中加入飽和醋酸鉛水溶液至沉澱完全，鞣質被沉澱出來。
聚醯胺法：此法缺點是價格較貴，製備聚醯胺粉比較麻煩
氨水沉澱法：將含有鞣質的乙醇液，加氨水調節至合適的pH至沉澱完全，過濾即可。
葉綠素：生藥用水提取時，水提液中葉綠素可用苯或氯仿抽提除去；如用酒精提取，酒精濃縮液加水，放置冰箱，葉綠素常可沉澱處理啊。用70%左右酒精提取時，回收酒精至濃縮液中含15-20%左右時止，放置冰箱，絕大部分葉綠素可沉澱出來。如果葉綠素不能析出，可用苯或汽油抽提除去葉綠素。如果生物鹼與葉綠素共存，可用酸水處理，生物鹼進入酸水，葉綠素不溶。用鉛鹽法也可除去葉綠素。葉綠素能溶於鹼水，有時可用鹼水處理，除去葉綠素。但這只是有效成分不溶於鹼或對鹼穩定時才能才用。
油脂、蠟和樹脂：提取之前用石油醚或者苯提取即可.
蛋白質：用有機溶劑提取時，蛋白質不會被提出。用水提取時，蛋白質可用酒精或甲醇沉澱除去，也可用鉛鹽法除去。
無機鹽：有效成分是蛋白質、多肽、多糖時，可用透析法除去無機鹽和單糖、雙糖等；有時可用離子交換樹脂、聚醯胺、活性炭層析法來除去無機鹽。
糖和澱粉：用有機溶劑提取時，澱粉不會被提出，用丙酮、甲醇、乙醇等極性溶劑提取時，有時會帶出少量糖。許多植物的根含有大量的糖和澱粉，若用水提取時，水提取液中含有大量的糖和澱粉，在這種情況下一般避免用水來提取。如用水提取則可將水液蒸乾，用無水酒精處理，糖和澱粉不溶，可被除去。若有效成分溶於乙酸乙酯、氯仿等，則可用它們萃取水液，將有效成分提取。