治療腹瀉，最重要的是對症下藥。腹瀉有感染性與非感染性之分，感染性腹瀉是由細菌、病毒、真菌、寄生蟲等病原體引起，如菌痢、細菌性食物中毒、病毒性腸炎等；非感染性腹瀉常見於受涼、消化不良、胃腸功能紊亂及甲亢、糖尿病、尿毒症等全身性疾病。感染性腹瀉是人體自我保護的一種體現，藉此可排洩掉一部分毒素，對人體有益。如果盲目止瀉，對病情反而不利。
如何用藥?
口服補液鹽：許多家長看孩子腹瀉就要求打針，其實，腹瀉最怕的是脫水，只要能及時給孩子補充體內丟失的水分，許多是可以不需要輸液的。可以買口服補液鹽，按照說明配製，如果是兩歲以下的孩子，需要稀釋後喂服。
微生態製劑：對三歲以下的孩子腹瀉時，可以同時適當補充有益菌群，抑制有害菌群過度繁殖，調整體內的微生態失衡。如寶貝樂益生菌，它可使胃腸道產生多種有機酸和消化酶，幫助寶寶吸收食物，增進食慾，產生的乳糖，醋酸等，可以增強寶寶的腸道蠕動，促進消化。
促胃動力藥：當孩子嚴重嘔吐不能進食時，可以短期使用該藥，促進孩子恢復飲食。該藥須在餐前15 分鐘服用。因為這類藥物有可能引起小嬰兒神經系統副作用，所以1歲以內的小寶寶要在醫生的監護下使用。大孩子有胃腸道出血、腸梗阻或穿孔時，禁用這種藥。需要大夫指導下使用.
止瀉藥儘量不要用：這類藥增加腸張力，抑制腸蠕動，使腸內容物延遲，臨床上醫生用於嚴重、難控制的腹瀉。如地芬諾酯（苯乙哌啶），但這類藥副作用較多，藥典上規定2歲以下孩子禁用。醫生會根據情況在短期內使用,家長不要私自使用。
抗生素選擇：對於明確的細菌感染，一定要用抗生素，但是對兒童尤其是小孩子，因為副作用相對多，這些藥基本不用。
腹瀉急性期恢復後可以適當補充微量元素如鋅、葉酸一兩週等，有助於腸粘膜的修復。
腹瀉時,我們為孩子做些什麼?
觀察大便性狀和次數：看大便是什麼樣子很重要，如果是糊狀或（小孩子）大便裡有不消化的奶瓣兒，量不大，不是水樣變，也不是黏液膿血便，可以暫時不用處理，觀察一下。如果是水樣變，每次量很多，或肉眼看見黏液或血絲，應立即去醫院化驗大便。
收集孩子大便有技巧:如果孩子剛腹瀉，判斷不了病情，孩子看上去精神很好,能吃能玩,臉色不差.可以把孩子大便收集到塑料袋裡，立即送就近醫院化驗，不要超過半小時，大便裡最好不要混入尿液，不要從地上或尿布上搜集大便，最好讓孩子拉在塑料袋上，取樣的大便不需要太多（因為檢驗師是通過顯微鏡觀看的，不要太多大便），最好挑看上去有黏液或血絲的地方。如第一次化驗正常，不要相信一次的化驗結果，如方便，可以再送一兩次看看。
觀察孩子是否有脫水現象：如孩子哭時淚少或無淚，加上尿少，說明脫水很嚴重，要立即給孩子補液。如孩子不吐，可以給孩子喂口服補液鹽（市面有售，八毛錢一袋），或臨時喂點淡糖鹽水。如嘔吐很嚴重，不能進食,需要去醫院輸液。同時注意孩子是否有發熱現象，如溫度超過38.5度以上,要適當選擇退熱藥。
腹瀉的時候不需要禁食
有人說孩子腹瀉時需要餓一下他，這樣腸道可以得到適當休息，這種說法不能說完全錯誤，但是小孩子不能耐受飢餓，而且可能會加重脫水。所以，腹瀉的孩子，如果是母乳餵養的孩子，繼續餵養，牛奶餵養的孩子，衝稀釋點或換成無乳糖奶粉（腹瀉奶粉）過渡一下。大點的孩子，停一下牛奶和肉蛋等，清淡為主，只吃點稀飯或麵湯就可以了。總的原則，不需要飢餓療法,當然也不要過飽,不餓不要硬喂.
我們除了觀察大便性狀和次數以外,需要進行以下觀察,可以提供給醫生.
量孩子體溫，看身上有無皮疹或其他異常表現
看腹瀉是發燒前出現還是發燒後出現的.
看孩子的精神面貌，是否有精神差，陣發性哭鬧，尿少，嘔吐等