無塵室內的浮游微粒子濃度，使用高效能的過濾器即可容易達到零水平，實際的生產現場由於作業者、機器、周邊機械的發塵及基板運送時所接觸的零件材料的發塵等，在製造品周邊揚起了少許的微粒子，因而造成了元件清潔面的粒子汙染。
無塵室內該如何防止微粒子汙染呢？應遵守下列四項基本原則：
方法/步驟
不攜入
在無塵室內不攜入微粒子的方法有：
1）作業員進入無塵室前，機臺、零件攜入前應進行清潔處理；
2）進入無塵室者在更衣室要穿著不發塵、不產生靜電的具特殊導電性纖維材質的無塵服、帽、鞋、手套、口罩等。
3）通過風淋室時利用高速乾淨空氣除去附在衣服表面的粒子後，才能進入無塵室。
4）機器及材料帶進無塵室前，應儘可能在密封狀態下帶進無塵室前室保養後用超純水擦拭，經風淋室吹淋後才進入無塵室。
5）無塵室中須全程穿戴密閉式安全帽及佩戴附有filter的排氣用小型fan於腰間。
不發生
在控制最大汙染源--人在無塵室內的微粒子發塵量的同時，也應控制第二大汙染源—製造機臺的發塵量。因物品在移動時，所產生的摩擦及接觸剝離會造成發塵，而物品在移動時也會有微粒子的發生。故為了控制發塵量達到最小限度應採取以下對策：
1）減少接觸剝離發塵的動作形態；
2）採用磨耗發塵小的材質；
3）採用發塵小的潤滑油；
4）機臺應用空壓浮上的非接觸化工作原理。
不儲備
若能徹底實施“不攜入”技術，無塵室內的潔淨度就可以維持。但現實中人和物品的頻繁出入及製造機臺的掣動，在廣大的無塵室內要有完全潔淨度是不可能的。因此“不儲備”技術快速地在過濾器中應用以除去已發生的微粒子變得非常重要。通常已發生的微粒子會依據重力及靜電吸附力而停留在周邊的物體表面。突發性的振動及不穩定的氣流會使這些累積微粒在空氣中再度揚起，增加了重大微粒子汙染的危險性。
在最高等級的無塵室中從天花板到地面，完全除去微粒子的空氣須在0.3-0.4m/s的速度作垂直向下流動。這是在約10秒內將室內空氣和完全過濾空氣完全交換所計算出來的數值。同時，空氣的流向也必須要有精確的控制才行。特別要保證氣流的流通路徑暢通無阻，因為在流通路徑中有障礙物的話，容易產生空氣空氣渦流而形成空氣的滯留區域，使得附近已發生的微粒子無法快速排除而長時間漂流在無塵室內，而一部分會附著在周邊機器裝置的表面而引起汙染。
控制氣流可防止微粒子累積，但對於帶電錶面的微粒累積就無法防止。
為了防止由靜電吸附而引起的微粒附著，通常在無塵室內會使用帶電程度在數十伏以下的導電性材料。而對於製造品本身的帶電，則採用帶電程度很少的搬送形態及接觸部品材料，並藉由除電裝置進行除電。
排除/除去
在無法避免大量微粒子發生的機臺中，為了不讓無塵室內產生微粒子，因此直接做對外排氣的動作，即所謂的區域性排氣。針對排氣的對策如下：由於匯入同量的外氣是必要的，但會伴隨大量的能源消耗。所以無法說是絕對理想的對策。因此儘可能地在壓縮排氣量的同時，不僅僅是向無塵室外排氣，而應採用將除去粒子後的空氣再回流到無塵室內之對策。