一般來看，玉的本色是較易識別的，主要有青、白、黑、黃、綠等顏色。而人工染色與玉的色變卻非常難以識別，在玉器鑑別時，往往遇到人工染色，沁色及玉本色相互類似的現象，這就需要識玉者認真進行分辨。這類現象主要有下列幾種：
工具/原料
玉
步驟/方法
黃斑與土沁
一些青玉、白玉製品往往帶有黃斑，這些黃斑可分為玉皮色、沁色、染色三類。玉皮色是玉材表皮原有的顏色，這種顏色是玉材在空氣中風化所致，可分為兩種，一種是年久風化，玉的表皮已糟朽，形成較厚的皮層，皮層往往呈深黃、暗赭等色，也就是人們常講的玉璞之皮，從玉璞的外面已很難了解內裡的玉色。另一種風化時間較短，表面僅呈薄膜狀，常出現於玉籽上，從外面常能透出裡面的玉色。一些出土古玉上也帶有這種黃斑，《格古要論》一書記載："嘗見菜玉連環上儼然黃土一重，並洗不去，此土古也。"也就是說這種黃色是玉器在土內埋藏所致，按照古人的說法，這種玉經盤摩後，顏色變化更為複雜。孔尚任在《享金簿》中談及古玉沁色："漢玉羌笛、色甘黃如柳花，…為漢器無疑，全體光瑩，不沾汗漿，亦無土花"，"雷紋漢玉環，徑二寸，內好相等，包漿熟潤若凝酥也"。這裡談的汗漿、包漿，都是講的玉沁色後又經盤摩而致。其實，在考古發掘中很少能見到帶有黃色沁色的玉器，個別玉器上的黃色斑，很可能是原來的玉皮，傳世玉器上帶有的黃色斑塊，往往是人工染色，因而遇到帶有黃色斑的玉器，應認真分辨。
黑斑與水銀沁
青白色玉料中常有區域性的黑色，這是“白玉或青白玉的單晶料子之間，夾雜大量石墨所致”。(鄧淑蘋《傳世古玉辨偽與鑑考》)。這類玉材大致有幾種，一為黑色墨點存於透度較高的青白玉間，人們稱為芝麻斑，漢代玉器至明清玉器中都有這類玉料使用。現代仿古玉也採用這類玉料。二為區域性的淺淡墨色，其色深淺不一，有濃淡變化。三是純黑如漆，在玉中形成斑塊，黑色與白色界線分明。
古人把某些玉器上的黑斑稱為水銀沁，認為是玉材受到了土壤中的水銀沁入產生的色變。其實，被稱為帶有水銀沁的玉器，上面的黑斑很多是玉材中原有的墨色。存在不存在玉材受沁產生的黑色呢?跡象表明，某些玉器上的黑斑為土中埋斑為土中埋藏產生的色變，例如遼寧清源出土的紅山文化獸首三環器，材質為青玉，中部三連環，兩側各有一個向外的獸頭，區域性裂紋中帶有黑色(見《中國玉器全集》)。黑龍江出土的金代墨玉魚，整體呈黑色，似炭精，區域性露出玉材本色(見《中國玉器全集》)。安微巢湖出土的漢代玉佩，區域性裂縫中帶有黑色，這些玉器上的墨色斑，同我們能見到的帶有墨斑的玉材，色斑絕不一致，應是埋藏形成的色變。
很多玉器上的黑色斑是人工染成的。人工染黑的方式大致可明確為二種，一為漆染，故宮存有一件屬新石器時代的玉圭，展於玉器館內，其圭已斷，僅存半段，圭表墨褐色，油亮似漆，斷面處可看出，作品原為青玉，表面一層墨色，似蛋殼，圭上的顏色絕非土中沁成，而是人工所染。明人在《格古要論》中便提到黑漆古，我們不能解析，黑古是用黑所染還是染成黑漆之色，這件作品用漆染的可能性非常大，作品為舊玉，染玉的年代已很難確定。人工染黑的第二種方法為火燒。"水銀沁之真者黑白分界處明晰如刀截。若提油，用烏木屑煨黑者則模糊矣"，就是說，用提油法、木屑煨黑法也可做水銀沁。晚清時，宮廷失火，燒燬大量器物，被燒玉器產生的色變有白，灰、黑等。白者溫度高，黑者所受溫度低，其中不乏黑似焦油而表面光亮者，有的殘玉白中且黑半，明顯表現出玉上的色變為人工燒烤而致。
白色斑與水沁
很多玉器經埋藏後會出現白色色斑，現實的識玉者稱這種色斑為水沁，意即它的出現同土壤中含的水分有關係。清人在《玉紀補》中說：“西土者，燥土也，南土者，溫土也，燥土之斑乾結，溼土之斑潤溽，乾結者色易鮮明，潤溽者色經黯淡，…無土斑而有瘢痕者，水坑物也。”由此而知，清代人已經注意到了水沁的問題。
按照的解釋，水坑玉的沁色應是無土斑而有瘢痕的玉器，也就是無黑、綠、黃、褐、紅等沁色的沁色玉。這類沁色限於白色或灰色。從考古發掘到的玉器來看，白色或灰色沁的情況非常複雜，東北、山東、河北等地出土的玉器上，很可能見到白色沁斑，但遼寧建平出土的一件屬紅山文化玉器的玉獸頭，表面全部呈暗灰色，已不見玉材的本色，形成的原因是沁色還是製造時的人工處理，目前還不便進行更深入的分析。河南地區新石器時代的玉器發現的很少。商代玉器大量出土，其中一些玉器呈象牙白色，應是玉料本身特點及沁色相結合的產物。還有很多玉器呈雞骨白色，玉的比重也變輕，這種現象應該是沁色所造成的。但在河南出土的春秋戰國玉器上卻很難出現雞骨白色，一些玉器上出現了局部的浸潤性的水沁色變。江蘇、浙江、江西、廣東等南方省分出土的玉器中有很多帶有水沁，這種水沁面積較大，深淺程度不同，一些作品的區域性硬度已非常低。筆者在安微見到的少量漢代玉器上，看到有斑狀灰白色沁，沁色分佈較廣，斑片不大但沁入很深，與周圍的玉色形成較強的對比。
注意事項
自然界的玉料中存有青白相混的玉材，故宮博物院樂壽堂存有清代製造的福海大玉海，它的玉料呈青碧色，但混有灰白色斑片，其色同一些古玉器上的沁色相彷彿，玉海內膛極大，掏出的玉料數量應很大，目前尚不見其它用此種玉料製造的器皿，相信掏出之料會被用去製造仿古玉器，因而利用玉料本身特點製造仿古水沁的可能是存在的。
人工仿造的玉器水沁大量存在，可用酸類液體浸泡、腐蝕，也可用火燒製。這兩種方法制成的顏色，經觀察是可以辨別的。