測序結果怎麼看?

General 更新 2024-11-07

測序完之後，怎麼看測序結果

你是Sanger測序還是二代測序？Sanger測序的話一般公司都會給你兩個文件，一個是峰圖的文件，還有個能用文本文檔打開的文件，裡邊是測序得到的序列，峰圖可以用軟件打開，比如Chromas Lite是一個免費軟件，網上就能下到。若是二代測序的話就需要生物信息學的人給處理下才能看了

測序結果怎麼分析

測序結果的分析

測序都是從5"端進行的，正向和反向測序是指對DNA的兩條互補鏈分別測序，通常兩個方向測序結果經校讀後完全一致才能認為得到可靠結果。生工測序結果一般都提供兩個文檔，一個是TEXT的序列文檔，一個是用Chromas軟件打開的ABI文檔。

1.尋找引物

blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比對，去除引物序列，找到目的片段。

在DNAMan上進行比對，看引物能不能比對上（一個不變，一個反向互補），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一個為分界線，去除前面的；下有一最後一個為分界線，去除後面的，剩下的就是目的序列。然後在NCBI上Blast.就OK了。

批註：PCR產物進行測序的結果可能不包含引物序列

2.將找到的對應目的片段轉成*.txt格式

3.下載BioEdit軟件

第一：打開Bioedit軟件，導入拼接好的樣品序列與標準亞型參考序列

File New Alignment Sequence New Sequence 導入拼接好的樣品序列和標準參考序列（從TEXT文檔利用複製粘貼工具） Apply and close 保存結果關閉窗口

第二：點擊菜單欄上按鈕 Accessory Application ，選擇 Clustalw Multiple Alignment

File Open Accessory Application Clustalw Multiple Alignment

第三：比對結束後，刪除比對序列兩端的多餘序列，使所有序列等長

選擇需要編輯的序列 Sequence Edit Sequence 進行序列的編輯保存修改後結果

第四：選擇 Sequence 菜單下的 Gaps ，點擊 Lock Gaps

第五：將比對後的序列保存為Fasta 格式文檔

4.下載MAGE4.0軟件

1) 打開MEGA軟件，選擇 File 菜單欄中的 Convert To MEGA Format ，把序列文件的格式轉換為meg文檔保存；

2) 雙擊序列的meg文檔，選擇 Nucleotide Sequences ，點擊 OK ；

3) 程序運行中詢問是否為蛋白編碼序列，選擇 NO ；

4) 在MEGA操作界面選擇 Phylogeny 菜單欄下 Bootstrap Test of Phylogeny 中的 Neibour-Joining ；

5) 選擇 Test of Phylogeny 欄中的 Bootsrap ， Replications 設定為1 000；在 Options Summary 欄中的 Model 項中，設定參數為 Kimura 2-Paramete r，最後選擇 Compute ；

6) 將分析結果採用Los Alamos HIV序列庫提供的HIV-BLAST和Subtyping工具進行驗證。...

測序完之後，怎麼看測序結果

測序公司一般會提供序列的文本文件和測序彩圖文件，可以跟測序公司要看彩圖軟件查看測序彩圖。想進行更進一步操作的話，你可以使用sequencer軟件進行操作。

測序結果怎麼拼接

測序實際上就是一個PCR反應。兩個反應就是以上有引物引發和下游引物引發的兩個反應。

測序結果拼接其實很簡單，你看你的兩個測序結果的後面應該有一段重疊區（如果測通的話），通過重疊區拼接起來就可以了。

DNAman裡可以自動拼接的。

你說的那幾個軟件在百度文檔裡就有下載。