宏基因組測序多少錢?
請問有誰做過微生物宏基因組測序，公司反饋回來的數據都包含哪些，通常一個樣得多少錢？
數據內容：
1，原始的fastq文件。
2，數據分析報告：1，數據的質控 2，序列的拼接及拼接效果評估 3，對拼接contig序列的註釋
4，基因的丰度分析，門綱科目屬種的丰度分析 5，樣本之間差異gene的分析
6，差異基因的功能分析（GO，pathway等） 7，樣本間差異顯著的物種分析
8，如果樣本比較多可以組微生物類群結構分析。
價格方面可以私信我留個郵箱，我可以發你一些資料和價格。
宏基因組測序需要dna濃度多少
宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能註釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網絡研究，探索微生物與環境及宿主之間的關係，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。
技術流程
生物信息分析
1. 原始數據整理、過濾及質量評估
2. 基於物種丰度分析：
♦物種丰度列表
♦稀釋曲線
3. 基於物種丰度分析：
♦丰度分佈曲線圖
♦生物多樣性指數（α多樣性）列表
♦物種丰度差異性分析列表
♦多樣品物種分佈柱圖
♦丰度差異物種聚類分析
♦PCA圖
♦Krona圖
4. 基因丰度列表：
♦提取基因分級註釋丰度列表（KO、NOG、subsystem）
♦功能基因列表
♦生成venn圖
♦基因丰度差異性分析列表
♦丰度差異基因聚類分析
♦富集分析（KO）
樣品要求
1、樣品採集：樣品採集條件的一致是最為重要的環節，嚴格按照採樣標準採樣，採樣後立即封存樣品冷凍保存。
2、樣品DNA：環境因素異常複雜，許多物質或抑制因子影響後續PCR、測序文庫構建和序列測定，常規提取方法不一定適合，建議採用專用試劑盒提取。DNA濃度≥20 ng/μl，總量≥6 μg（熒光定量），並確保電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無降解；提供DNA電泳檢測照片，用自封袋密封后隨樣品一起送樣；組織樣品﹥1.5 g。
3、樣品保存期間切忌反覆凍融。
4、送樣管務必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。
個人全基因組重測序需花費多少錢?
人類基因組大小3G， 重測序一般需要測定至少20x以上的數據（數據乘數高的話對於信息分析是有海的），也就是說一般需要測定60G的數據，如果1G按照5000元算的話，需要30萬元。
不過要看你的目的，現在illumina推出的my-seq測1個人的好像只需要幾萬。
宏基因組測序能得到差異功能基因嗎
功能基因芯和宏基因組測序的區別
基因組，Genome，一般的定義是單倍體細胞中的全套染色體為一個基因組，或是單倍體細胞中的全部基因為一個基因組。可是基因組測序的結果發現基因編碼序列只佔整個基因組序列的很小一部分。因此，基因組應該指單倍體細胞中包括編碼序列和非編碼序列在內的全部DNA分子。說的更確切些，核基因組是單倍體細胞核內的全部 DNA分子；線粒體基因組則是一個線粒體所包含的全部DNA分子；葉綠體基因組則是一個葉綠體所包含的全部DNA分子
轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。
從定義上看，很明顯，基因組一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而轉錄組則指的是RNA。
如何用宏基因組測序
宏基因組學這一概念最早是在1998年由威斯康辛大學植物病理學部門的JoHandelsman等提出的，是源於將來自環境中基因集可以在某種程度上當成一個單個基因組研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高層組織結構和動態變化的含義。後來伯克利分校的研究人員KevinChen和LiorPachter將宏基因組定義為“應用現代基因組學的技術直接研究自然狀態下的微生物的有機群落，而不需要在實驗室中分離單一的菌株”的科學。
如何用宏基因組測序？ 10分
宏基因組即生境中全部微小生物遺傳物質的總和。它以環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象, 以功能基因篩選和測序分析為研究手段, 以微生物多樣性、種群結構、進化關係、功能活性、相互協作關係及與環境之間的關係為研究目的。宏基因組學技術第一次使人類得以研究佔環境中99%的不可培養的微生物種群，從而成為微生物研究的最前沿領域
對環境樣本進行DNA提取後進行16S或18S等區域擴增，再對擴增產物進行建庫、測序，然後對所得的數據進行生物信息學分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取樣充足性分析、丰度和多樣性分析、菌群間差異分析、假設驗證分析、進化樹分析等。
宏基因測序多少reads確定為存在微生物物種
微生物幾乎是無所不在的，它們對生態環境和人體健康起到了不容忽視的作用。然而人們對微生物的瞭解還相當匱乏，因為許多微生物是無法在實驗室中培養的。宏基因組學是瞭解這些微生物的重要途徑，但宏基因組測序並不是一件容易的事兒，就像是把許多拼圖拆散混在一起，然後在毫無參考的情況下拼接。生物通 www.ebiotrade.com
最近Nature Methods雜誌發佈了一個名為TruSPADES的強大工具，可以大大提升研究者們測序宏基因組的能力。這種算法能將Illumina測序儀生成的300bp短讀取，合併成大約1萬bp的基因組片段（Synthetic Long Reads）。如果說用短讀取相當於語句，那麼長片段就是整章文字。顯而易見，把整章文字還原成一本書要容易得多。
TruSPADES主要是先給100-300bp的短讀取裝上條碼，然後通過de brujin 圖把這些片段組裝起來，生成Synthetic Long Reads。這種低成本的方法可以更好的確定相連片段，獲得更長更準確的長測序片段。生物通 www.ebiotrade.com
研究人員正在將這一方法用於各種微生物群體，從人體微生物組到海洋微生物組。“這是新一代的測序技術，會對宏基因組測序產生很大的影響，”這項研究的領導者，加州大學的Pavel Pevzner教授指出。
人類消化道居住的大量微生物被統稱為腸道微生物組。腸道微生物組在人類代謝食物、抵禦感染和應答藥物等過程中起到了重要的作用，許多人類疾病都與微生物組失衡有關。我們知道腸道菌群的菌種組成是因人而異的，宏基因組測序進一步揭示了微生物組驚人的複雜性。華盛頓大學的科學家們發現，在人們共有的一些細菌中還存在著廣泛的菌株差異。這是首次在腸道菌群中大規模分析菌種內部的基因變異。（更多詳細信息參見：Cell：大規模宏基因組研究的驚人發現）生物通 www.ebiotrade.com
嬰兒的微生物組需要在成長過程中慢慢成熟。華大基因和瑞典哥德堡大學的研究人員對98名一歲以內的瑞典嬰兒進行了腸道菌群分析。我們一直以為引入固體食物是改變嬰兒腸道菌群的關鍵因素，但這項研究表明推動微生物組成熟的其實是斷奶。研究人員發現，即使引入了固體食物，非母乳嬰兒的微生物組仍舊比母乳嬰兒更接近成人。
測序一個鹼基大約需要多少錢？
測序不是按鹼基算的，而是按反應的算得，現在在上海這邊一般海25-30元之間一個反應，一個反應保證有效讀數在800個鹼基。如果基因組測序現在多是採用的二代測序技術，這樣的平攤到每個鹼基上的錢更少了。