本文主要大致歸納商業企業稅務檢查方法並列舉一些要點，供商業企業和同仁們參考適用，本文觀點不一定完全正確，也不具有任何立場，僅做學習交流之用。
工具/原料
商業企業管理
稅務政策法規
方法/步驟
商業企業可以分為綜合性的大型超市，專門性的超市，批發企業和零售企業。
商業企業的管理模式不同，涉及到稅務檢查方法是不一樣。一個商業企業，一定要搞清它的屬類、規模、組織機構和管理模式、業務流程、合作方式以及營銷模式。做好充分的準備是必不可少的。
一般企業的稽查方法有：一是稅務審核式。從稅收法規和管理制度出發，來對企業的基本情況和生產經營情況以及賬務處理情況進行審核，看是否存在不符合稅務管理而出現稅款流失，看是否存在不符合稅務法律法規而出現稅款少繳。例如福利企業，核實其殘疾人構成比例是否達標，是有殘疾證，是否給殘疾員工購買相應的保險。又如，核實企業是否符合減免稅的條件。享受減免稅條件的期間是否準確。二是財務分析法。從企業的財務科目設置和賬務處理出發，分析其原理以及存在的漏稅風險，並追根求源，來發現漏稅現象。還可以通過賬務處理中相關的原始憑證信息來互相印證和追索。三是數據分析應用。最基礎的是使用第三方信息，以發現企業的漏稅現象。其次是數據分析比對。企業的生產經營流程，其實也是數據產生、加工、存儲的過程（數據流程），通過比對數據流程中各個環節的數據發現漏稅的現象。這種方法也可以叫做相關性指標法。還有就是通過分析企業的財務報表來發現異常，然後進行追溯並不斷縮小範圍，直至找出異常點和漏稅風險點。
商業企業的常採用稽查方法有：查發票方法。有部分企業由於要虛列成本，一般會採取假髮票列支費用。可以選取金額較大的普通發票去網站上驗證真偽。對於增值稅專用發票可以核實其“三流”（資金流、貨物流、資金流）。查往來科目法。是否有餘款未付完。是否有長期掛應付款項等。查廣告宣傳費。瞭解企業採取的宣傳措施。是否存在以貨易貨，將產品用於廣告，是否存在饋贈未視同銷售等。要仔細審查銷售政策中的業務政策與稅收政策的相關性。信息流程法。像超市類的商業企業都運用了信息系統，一個業務流程就對應有一個數據流程，將整個流程中的若干環節數據相比對，往往能夠發現大問題。例如說，查詢發貨系統裡面的數據，對比銷售系統裡面的數據往往能對比出問題。
商業企業的檢查要點：
一）審核該企業的資本構成變化情況。是否有股權轉讓情況。這個可以徵管系統中和工商部門共享信息中獲取。
二）審核該企業的運營模式。是否是與其他企業簽訂租賃合同。是否是自行銷售。
三）關注企業的促銷活動。核實企業是否有贈送貨物和兌換積分業務。
四）審核該企業是否有返還收入。
五）審核該企業的以舊換新操作是否規範，是否有未計稅情況。
六）關注商業企業的樣品和適用品。可以關注貨物的流向。
七）關注商業企業的安裝和售後服務的費用。
八）關注商業企業的發票適用情況。是否適用第三方發票，是否從一些單位取得非法代開發票等。
九）是否發生與本企業無關的費用。
十）核實企業的“三費”情況以及稅負情況。
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