活性炭具有一種強烈的“物理吸附”和“化學吸附”的作用，可將某些有機化合物吸附而達到去除效果，利用這個原理，我們就能很快而有效地去除水族箱水質中的有害物質、臭味以及色素等等，使水質獲得直接而迅速的改善。
水族市場出售有多種活性炭產品，許多水族愛好者很難辨別它們的好壞。有的產品根本只是木炭而已，無法有效地去除有害物質，這種從表面上看起來象木炭的產品，通常具有光澤，最好不要購買。
好的活性炭產品是經過“活化處理”的，所謂“活化處理”是指在製造過程中，將活性炭的孔隙率給予顯著地提高，使其更具吸附力。但是產品是否有經過“活化處理”用肉眼是很難辯識的，通常只能根據產品的特性說明去判斷。
如何選購淨水活性炭
選購時請記住顆粒愈小，效果愈好。因為它的總表面積愈大，孔隙愈多。但顆粒也不可太細而成粉末狀，以免造成使用上的不便，影響到過濾器的過濾流量。一般以粒度約為直徑1mm較佳。
活性炭雖然可用予去除水質中的懸浮物，但它的空隙很快就會被懸浮物堵塞，而失去原來的功效。所以應該把它放置在過濾棉的下面，讓過濾棉先處理掉水質中的懸浮物後，過濾棉無法處理的可溶性有害物質再交由活性炭來處理，但為防止顆粒太小的活性炭隨著濾水的尾程流入水族箱內，也為了以後能方便地更換，最好是將它作為第二層過濾材料來放置，而將其他的過濾材料，諸如：生物過濾球、陶瓷圈等等放置其下。
吸附原理
活性炭是一種由含碳材料製成的外觀呈黑色，內部孔隙結構發達、比表面積大、吸附能力強的一類微晶質碳素材料。活性炭材料中有大量肉眼看不見的微孔，1克活性炭材料中微孔的總內表面積可高達700－2300平方米，也就是說，在一個米粒大小的活性炭顆粒中，微孔的內表面積相當於一個大客廳內牆面的大小。正是這些微孔使得活性炭能“捕捉”(吸附)各種有毒有害氣體和雜質(通過範德華力，即分子間作用力)，從而清潔水源。淨化水質.在這個過程中並沒有新物質的生成，因此屬於物理變化，是非常環保的。
使用淨水活性炭應該注意以下幾點
使用前要清洗去除粉塵，否則這些黑色的粉塵可能暫時會影響水質的清潔度。但建議不要直接用新鮮的自來水沖洗，因為活性炭的多孔隙一旦吸附大量自來水中的氯以及漂白粉，在隨後放置到過濾器中使用時對水質造成的破壞，相信勿需我多言。
靠平時簡單的清洗，是無法將活性炭的多孔隙中堵塞的雜物清潔乾淨的。所以，務必定期更換活性炭，以免活性炭因“吸附飽和”而失去功效。且更換的時機最好不要等它失效以後再更換，如此方可確保活性炭能不斷地把水族箱水質中的有害物質去除。建議每月更換1-2次！
活性炭的處理水質的效率與其處理用量相關，通常為“用量多處理水質的效果也相對好”。
定量的活性炭被使用後，在使用初期應該經常觀測水質的變化，並留意觀測結果，以作為多長時間活性炭失效而更換的時間判斷依據。
在使用治療魚病的藥劑時，應該暫時將活性炭取出，暫停使用。以免藥物被活性炭吸附而降低治療效果。