基於KEGG數據庫中蛋白和蛋白之間的相互作用關係，構建基因的相互作用網絡圖，結果樣式如下圖：
方法/步驟
點：圖中每個點代表一個基因。
顏色：對於兩分組（例如實驗組和對照組），紅色的圓點為上調基因，藍色為下調基因，對於多分組（例如 組1，組2，組3），由於差異基因不分上、下調，所以紫色的點為差異基因。
連線：兩個基因之間的相互作用關係用一條連線來表示，連線上的字母為兩者相互作用關係類型的簡稱，例如c代表compound，詳情可參考網絡分析方法說明(GCBI-學院-幫助-網絡分析方法學說明.pdf)
對於無箭頭方向的實線，表明兩者的相互作用關係有沒有方向性的（例如compund 簡稱c）。
對於有箭頭方向的實線，表明兩者的相互作用關係有方向性的（例如active 簡稱a），箭頭起始端為上游基因，箭頭末端為下游基因。
對於有箭頭方向的虛線（indirect 簡稱ind），表明兩者的相互作用關係有方向性，箭頭起始端為上游基因，箭頭末端為下游基因，但兩者的作用關係是間接作用。
對於有平頭標識的實線（inhibition 簡稱inh），表明兩者相互作用關係有方向性，平頭的起始端為上游基因，平頭末端為下游基因，且上游基因對下游基因是抑制作用關係。
數量：一般基因數量建議控制在500-1000左右，數量太少可能會由於關係少，連不成網絡圖，數量太多網絡圖會太大，不便於後續挑選。
挑選：根據網絡圖中點的面積大小來挑選基因，點的面積越大，說明基因在網絡中越重要，是網絡中的核心基因，可以挑選核心基因做後續的驗證試驗或進一步分析，同時還可根據關注的基因來挑選，如上圖中PIK3CG，PLCB3是網絡中的核心基因。