1.化學法。
“化學藥品時間效應比較快，可快速殺死藻類。因此，但除非應急和健康安全許可，化學殺藻一般不宜採用。目前使用較多的化學殺藻劑是有機溴、硫酸銅、氯化銅、高錳酸鉀等，其中最常用的是硫酸銅。銅離子對藍藻以及其他藻類的危害已經有大量的報道（和麗萍等，2001）。雖然化學方法除藻能在短時間內見效，但死亡藻類所產生二次汙染及化學藥品的生物富集和生物放大對整個生態系統的負面影響較大，而且長期使用低濃度的化學藥物會使藻類產生抗藥性，對藻類有毒性作用的是二價銅離子，抑制光合作用、細胞分裂和固氮。二價銅離子導致對浮游動物和魚類的二次汙染，因此只能被應用於應急措施，且同水域3年內不得第二次使用。
2.物理法。 物理法表現最為直接，它直接清除水體中的藻類，不會產生二次汙染，但該法往往需要耗費大量的勞力和能量，因此該方法只能侷限於小水體或大水體的區域性水域。物理法除了採取截流、疏浚、稀釋和汙水分流等措施減少外源汙染物的入湖之外，還發展了機械或人工打撈收藻、超聲波和粘土吸附和遮光技術等除藻方法，如（沈銀武等2004）在雲南滇池利用機械除藻法除藻。鄒華等（2007）認為用殼聚糖改性粘土在離子強度低的條件下具有較好的除藻效果，是適合在湖泊，水庫和江河等淡水（低含鹽量）水體中應用的應急除藻技術。
3.生態法。 生物方法控藻從生態的角度，通過生物間的營養競爭和牧食關係來控制藍藻水華。這種方法不造成二次汙染，且具有經濟、高效、合理的優點。目前主要開展的是微生物防治、食藻生物、水生植物抑制等方法的研究和嘗試。”