（一）手術治療：幹細胞移植技術是一種先進的技術,將新採集到的幹細胞通過靜脈輸入兒童的體內,不需要開腹,創傷小、痛苦小,一次治療時間只需要20分鐘,患兒家長容易接受,一個療程需要在兩週內做4次移植。幹細胞移植技術在治療小兒腦癱、脊髓損傷、腦外傷等神經系統疾病中獲得了初步的成功,證實幹細胞治療可以在一定程度上改善和修復神經系統的結構和功能。這也為利用幹細胞移植治療小兒孤獨症提供了理論依據。
（二）行為治療 ：即對患兒的不良行為習慣進行矯正。一般採用在高度結構化的環境中，由經過專門學習和培訓的專業人員對其進行特殊行為矯正。由於患兒的缺陷及其家庭環境的個性差異較大，因此，應有專家制訂個性化的治療方案，除了在專門設立的特種教育機構中進行治療外，還應當以家庭為基地，通過訓練父母，取得家庭成員的密切合作，以達到行為治療的最佳效果。
(三)教育治療教育的目標重點應該是教會他們有用的社會技能，如日常生活的自理能力，與人交往的方式和技巧;與周圍環境協調配合及行為規範，公共設施的利用的等最基本的生存技能。
教育訓練要特別注意個別化。教育訓練開始的年齡越小越好，獲得後越容易固定下來。教育訓練中要特別注意父母所起的作用。教育訓練還應做到堅持和長期性，教師和父母要懂得不能期望在短期的訓練中改變兒童的行為或一定能學會一項技能。
四)中醫點穴治療中醫學認為，智力活動是屬於五臟六腑之功能，腎為先天之本，主骨主髓，心為君之宮而主神明;肝為將軍之宮而主謀慮，小几先天稟賦不足或後天失養，均可導致心、肝、腎等臟腑受損，使髓海不充，神智衰弱，謀慮失常，而產生智力低下病症。根據這一原理，顏家睦同志首創中醫點穴方法治療孤獨症兒童，選用特定的啟智區、神智區、益智區、聰智區等點之，以健腦益智，開竅寧神，調和任督兩脈：在四肢及背部的8條刺激線和特定穴位等點之，以起到醒腦開竅，壯腎開元，益氣補脾，充盈精血之功效;再輔以配穴點之，以調肝健腦，平肝息風，化痰開竅。從而，調整五臟六腑的經氣，改變髒腑虛實狀態，促進大腦細胞發育，提高兒童智力。現代醫學認為，刺激某些穴位可改善大腦皮質的微迴圈，使大腦組織血流量增加，改善腦組織的營養物質及氧氣供應量，促進代調產物的排洩，因此，點穴治療對智力低下有明顯改善作用。
心理學認為，通過刺激體表穴位，讓孩子感到接觸舒適，產主肌膚之情，這樣孩子容易產主安全感，施術者容易與孩子建立融洽關係，有利於促進孩子的社會交往。