軟體商業祕密鑑定包含實體內容的鑑定，還包含程式性內容的鑑定，實體內容的鑑定就是直接針對軟體程式碼進行的鑑定，程式性鑑定主要是針對軟體商業祕密鑑定中的程式問題，具體包含以下內容：
方法/步驟
1、軟體商業祕密鑑定的程式性鑑定之一：對軟體程式碼的安裝
提取軟體程式碼是第一步，緊接著是對軟體程式碼進行安裝，部分軟體程式碼需要在執行的環境才能進行軟體程式碼的比較，必然需要對遊戲介面進行比較等。對軟體程式碼的安裝，可以選擇對兩套軟體程式碼同時安裝或先後安裝。在安裝的過程中，可以不管其安裝使用的檔案是不是相同，因為安裝使用的檔案僅僅是幫助用於對比鑑定檔案進行運營的輔助手段，不會影響到用於對比的軟體程式碼，不會對軟體商業祕密鑑定造成實質上的影響。通過對比安裝過程中的螢幕顯示，如軟體資訊以及使用功能鍵後的螢幕顯示等是否相同。
2、軟體商業祕密鑑定的程式性鑑定之二：軟體程式碼名稱對比
在軟體程式碼提取、安裝完成後，接下來需要對軟體程式碼進行一系列的對比，對比從外而內，由表及裡，一步一步深入進行比較。首先進行比較的應當是軟體程式碼名稱類形式上的比較。比如對其安裝後的目錄，以及各檔案進行對比。這種比較是對軟體程式碼表觀現象進行比較，包括檔名、檔案長度、檔案建立時間、檔案修改的時間、檔案上傳、檔案屬性等幾個部分。通常情況下，軟體商業祕密侵權人使用的軟體程式碼的環境會有權利人利用軟體程式碼的環境有一定的不同，大部分侵權人會在權利人已有的軟體程式碼基礎上，進行部分修改;另一方面，由於侵權人明知自己實施的是侵犯他人軟體商業祕密的行為，為規避侵權，或者為降低侵權風險，一般都會對權利人的軟體程式碼作出一定的修改。這就會導致侵權人使用的軟體程式碼與權利人的軟體程式碼絕大多少情況下，不可能完全一致，但這不能否定侵權事實，這也是軟體商業祕密鑑定存在的原因。由於侵權人能夠修改的畢竟還是隻能是少數部分，不可能對絕大多數軟體程式碼進行修改，也不可能對核心程式碼進行修改，所以絕大部分的軟體程式碼的檔案的表觀現象還都應當是一致的。
3、軟體商業祕密鑑定的程式性鑑定之三：軟體程式碼使用過程對比
在對軟體程式碼名稱進行對比後，下一步是對軟體程式碼使用過程進行對比。在這個階段的對比，可能會涉及到使用過程中的加密、解密過程，但加密、解密過程不是此處所要進行的對比，因為軟體商業祕密鑑定對比的是具體的軟體程式碼，是對軟體功能、內容有著實質影響的部分，加密只是權利人保護軟體程式碼的手段、解密只是侵權人為獲得軟體程式碼而實施的破壞防護的手段。因此，加密、解密過程本身不是軟體程式碼對比要涉及的內容，也不是軟體商業祕密鑑定所針對的物件。在對軟體程式碼使用過程進行對比時，是對軟體程式碼使用過程中的螢幕顯示、使用方法、功能、功能鍵、以往範例等進行對比，特別是對於螢幕顯示，要仔細對其普通文獻和下拉、內容、選擇項、彈出選單的方位等進行對比。
4、軟體商業祕密鑑定的程式性鑑定之四：對軟體程式碼的提取
軟體商業祕密鑑定的基礎是程式碼，然後對程式碼進行比較，因此只要進行軟體商業祕密鑑定，必然涉及到對程式碼的提取問題，這關係到用於對比的軟體程式碼的來源以及來源是否合法的問題。具體而言，涉及到權利人的軟體程式碼的提取，以及侵權人軟體程式碼的提取，提取時特別要注意不要將雙方檢材的程式碼進行混淆，如果混淆，必然會影響軟體程式碼同一性對比結果。
綜上，軟體商業祕密鑑定的物件是源程式，其次是目的碼，這些鑑定是實體性鑑定;除了軟體商業祕密鑑定的實體性鑑定外，程式性鑑定對於整個軟體商業祕密鑑定也發揮著非常重要的意義，也是軟體商業祕密鑑定需要特別主要的地方，主要是上述四個內容：對軟體程式碼的安裝、軟體程式碼名稱對比、軟體程式碼使用過程對比、對軟體程式碼的提取。