新建池塘，經水浸泡1~2天，然後進行消毒。老塘必須排幹水後，徹底清除汙泥和雜草，採用翻耕暴晒及沖洗等辦法促進有機物的氧化、分解和排除，最後再進行消毒。
常用消毒劑有生石灰、漂白粉、二氯異氰尿酸鈉。消毒方法一般先將養殖池注水10~30釐米，消毒劑溶於水後，潑入池中。水泥池用藥水多次沖洗，然後再用清水沖洗。如某企業養殖南美白對蝦消毒在放苗前15~20天進行，池塘進水10~30釐米，用漂白粉41千克/畝、強氯精8~10千克/畝溶水後潑灑池塘。2天后排乾池水，用生石灰100~150千克/畝，全池潑灑，進水浸泡2~3天，然後排乾池水再進水20~30釐米，每畝用茶子粕浸泡後連渣全池潑灑。
養殖水體施用肥料是補充水體無機營養鹽類、提高水體生產力的重要手段，但過量施用則可能會使養殖水體的水質惡化和汙染環境，造成天然水體的富營養化。施肥主要用於魚、蝦、貝類的池塘養殖和海帶、紫菜等大型藻類的養殖。有機肥的使用應經過發酵、腐熟、消毒、殺菌等處理，禁止使用未經處理的有機肥。
養殖池徹底清塘、消毒後，可施肥培育浮游生物。當池塘內已有豐富的餌料生物，且水質達要求時，就可以準備放苗了。