一、 申報流程
對於貨物運輸稅控開票企業和未開通網上抄報稅企業的申報流程：
網上申報 -----> 到當地稅務大廳繳款清卡
對於開通網上抄報稅且非貨物運輸稅控開票企業的申報流程：
網上抄報稅 --> 網上申報 --> 一窗式比對成功時繳款 --> 網上清卡
二、 申報表填寫次序 :
增值稅一般納稅人申報表填寫次序為：固定資產進項稅額抵扣情況表（必填）；附表一（必填）；附表三（改徵增值稅納稅人必填，其他納稅人不需填寫）；四小票（非必填）；稽核資料結果清單確認（輔導期納稅人必填，其他納稅人不需填寫）；附表二（必填）；主表（必填）。成品油購銷存情況明細表（非必填）。
增值稅小規模納稅人申報表填寫次序為：附表一（改徵增值稅納稅人必填，其他納稅人不需填寫）；主表（必填）。
在提交申報以後不能在網上辦稅大廳進行修改和刪除申報，在提交申報之前，可以修改和刪除申報表。修改和刪除申報表的次序與填寫申報表的次序完全相反。
三、 開通網上申報的使用者，需到大廳簽訂銀稅繳款協議，方可進行網上申報。銀稅繳款協議是有區分稅種，有多個稅種的納稅人需分別簽訂相應的銀稅繳款協議。
四、 第一個月開通增值稅網上抄報稅的使用者，或企業上月更換過金稅卡或金稅卡、IC卡進行過“重新發行”操作的使用者，當月不能通過遠端報稅的方式進行報稅，需按原有方式到報稅大廳進行報稅並劃繳稅款。
五、 貨物運輸稅控開票系統沒有網上抄報稅及清卡功能，貨物運輸稅控開票企業需到大廳進行抄報稅及清卡。
六、 納稅人本月有開具公路內河貨物運輸業統一發票、或有通過網上開票系統開具普通發票（不是用IC卡開的）、或有手工開具普通發票，進行申報時一窗式比對不能通過，繼而不能繳款和不能清卡，需到當地稅務大廳處理。
七、 一窗式比對未通過則不能繳款，不能清卡，請到當地稅務大廳繳款並清卡。網上辦稅平臺允許一窗式比對在1元以內的誤差。
八、 增值稅一般納稅人主表第2欄“應稅貨物銷售額”、第3欄“應稅勞務銷售額”、第12欄“進項稅額”、第14欄“進項稅額轉出”資料系統沒有自動從附表中讀取，需要納稅人根據企業實際情況手動填列，但系統有對這些資料進行相應校驗。
九、 若納稅人存在以下兩週情況，將會出現抽取本月的“上期留抵稅額”資料不準確：1）、有操作過本所屬月份增值稅申報表刪除的；2）、本所屬月份內有進行之前月份增值稅申報表修改；
十、 納稅人在進行網上申報時，由於銷項稅額彙總數四捨五入的原因，會造成附表一銷項（應納）稅額與企業抄報稅銷項稅額存在誤差。誤差範圍在1元以內的，根據總局有關檔案精神，允許納稅人正常申報。對由於四捨五入問題產生的誤差與實際的資料不符的問題，納稅人可以通過調整申報表附表一的1至8列對應銷項（應納）稅額解決。由於14欄資料將直接寫入主表，為確保資料準確性，9至14欄由系統自動計算，不能手工修改。由此產生的誤差將不會影響納稅人的一窗式比對和清卡。到當地稅務大廳申報則可以修改9至14欄。
十一、按次申報納稅人和徵收方式為定期定額的納稅人（雙定戶）不使用網上申報。
十二、網上申報只允許一次性遞交，不支援更正和重複提交.
十三、如果納稅人發現系統帶出的企業的基本資訊、認證資訊與實際數不一致，可點選“更新基礎資料”，系統將重新從徵管系統和防偽稅控稽核等系統提取資料。點選“更新”之後，退出申報模組，過五分鐘後重新進入即可。
十四、具體操作手冊和填表說明詳見本網站“辦稅指南”--“下載中心”--“納稅申報”.