吳茱萸味辛苦，性熱，屬溫熱藥。有溫胃散寒、疏旰燥脾，暖腎治疝的作用。常用於治療胃痛吐酸、脾腎虛瀉、疝痛、痛經等。
胃痛吐酸：
胃寒疼痛，吞酸，嘔吐，胸滿等症，可甩吳茱萸溫胃散寒，降逆止嘔。常配合生薑，半夏，高良薑、藿香，砂仁等同用。如肝氣鬱而化熱，肝熱犯胃而吐酸、胃痛者，因本品有疏肝作用，可配黃連（黃連用量要大於吳萸五倍）同用（名左金丸）。
脾腎虛洩：
牌腎虛寒引起的洩瀉，主要表現為天將黎明時，腹中響鳴、疼痛，立即上廁瀉肚，或伴有腰痠腿冷，腹部喜暖等。吳茱萸辛溫入腎，能散下腹部寒氣，常配合補骨脂，五味子，肉豆蔻（四神丸方）等同用。以這四味藥為主，再適當配合一些應證藥物即可，確有效果。
疝痛：
因肝腎寒氣而致的疝氣疼痛、睪丸墜痛等，可以吳茱萸配烏藥，青皮，川楝子，桔核，小茴香，肉桂，荔枝核等同用。
痛經：
子宮寒冷而致月經衍期，血少而黑，經行腹痛，可以吳茱萸配川芎、當歸、紅花，桃仁、香附，小茴香，牛膝，熟地，肉桂等同用。
半夏止胃氣不和，中焦有溼的嘔吐。吳茱萸止脾胃虛寒、厥氣上逆的嘔吐。
川椒偏治腎火衰微、腎經冷氣上逆。吳茱萸偏治濁陰不降，肝經厥氣上逆，並能引熱下行（可用於虛火上炎的口舌生瘡）。
山茱萸滋厥陰（肝經）的陰液，溫肝補腎而收虛汗。吳茱萸開厥陰的氣鬱，溫肝暖脾而下逆氣，止寒嘔。用量一般三分至二錢，特殊重症可用三錢。凡燥熱之證皆忌用。