天然的東西都有好壞之分，水晶也一樣，不像一些寶石有標準的判斷要素，影響水晶品質的因素有很多，所以大家要多聽多看多比較才能真正辨別出來。一般的標準是水晶石越大越好，越透越好，顏色越嬌嫩越好，形狀越典型越好。
方法/步驟
顏色、透明度
水晶本身的顏色要豔麗、純正，分佈要均勻，不能太淺或太深，例如好像澳洲玉，藍玉髓，紫晶，黃水晶，其價格就高了。
無色水晶內含包裹體的顏色豔麗，其價格也高，如鈦晶、綠幽靈、紅兔毛。紫水晶一般已稍有云狀物、顏色深紫、晶體通透為上品。
按透明度指標，水晶越透明，價格就越高，好的透明水晶加工出的成品晶瑩剔透、光輝耀眼。透明度高的水晶能提升顏色的豔麗，否則顯得呆板無靈性。光學水晶要求全透明、無雙晶、無雜質。工藝水晶要求透明，少裂、少瑕疵。
淨度
無色水晶以晶瑩美麗、潔淨透明著稱。衡量無色水晶主要看它的純度，越純、越透明越好。乾淨的、無瑕疵的、雜質少的價值就高。無色水晶如果很髒，就沒有利用價值了。
質地
雜質、裂紋越少越好。質地好的水晶製品，因看不到星點狀、雲霧狀和絮狀分佈的氣液包裹體或組成玉石的顆粒，有裂紋、斑點則屬次品。
特殊圖案及包裹體
玉石紋理如果能形成美麗的花紋、圖案，其價格就高，如瑪瑙內紅白相間的色帶有規律的排列，形成纏絲瑪瑙時，碧玉中的不均勻顏色形成一種美麗風景圖案時，材料的價值將提升。
當水晶內包裹體形成美麗圖案時，如幽靈水晶、風景水晶，或者針狀包裹體呈束狀排列時，其價值都高於普通水晶。
圖案越美觀、越有意境越好。發晶的價值取決於發的顏色、罕見性及大小，一般是髮色鮮豔、塊度大的價格高。水膽水晶的價值主要取決於水膽及晶體的大小、透明度的高低。如果水膽較大並有一定形態，便可加工成交為珍貴的工藝品。
塊體的大小
水晶的價值還與晶體的大小有關，同樣的顏色和淨度級別，塊越大越難得。有時候質量級別雖低一些，但晶體夠大，也可能價格高於高級別的小晶體。
由於天然水晶的開採和製作原因，沒有瑕疵的水晶很難得到，純淨的飾品要達到與合成水晶媲美的品質，實在很難的。
在目前市場上，得到質量上乘的水晶已很不容易了。水晶的價值根據品質、塊體的大小、美感和產量的多少的不同相差較大。遇到好的水晶要敢於下手，但好的水晶大家都想得到，值與不值，就要看經驗了。