遊戲開始，先選擇男／女主角，再替主角改名一開始你會身處於真新鎮家中二樓，先從計算機拿出傷藥一個（加HP 20)然後出家門，向上行到草堆，遇見大木博士，他會帶您到研究所，然後請從桌上選擇精靈（三選一）選完後，小茂會選擇克你屬性，並跟你對戰。打贏之後，走出研究所，再往北方走到常磐市內，到商店去，店老闆會給你一樣東西。回到真新鎮，去研究所跟大木博士講話，他會給你寵物小精靈圖鑑。跟小茂姊姊（右上方民宅），會給你地圖。在去上方的村莊，現在可以買精靈球（200元）可收服寵物小精靈。注意：如果你往西走，到22號公路，會遇見宿敵強制戰鬥請往上方走，會遇到一名老伯，得到電視機一部，繼續向北走會到達常磐森林。常磐森林內有許多昆蟲類寵物小精靈，運氣好還可以遇到皮卡丘，之後你會到達深灰市。到達了深灰市，先補血，去打道館吧！這關道館是岩石系的。GYM1場主：小剛使用屬性：石系小拳石 Lv.12 男大巖蛇 Lv.14 男上方研究可花50元可進去參觀到右邊起程，見一名博士，得跑步鞋(B+方向鍵）往右邊走，中途有些訓練家，打敗他們吧！到達月見山，進去前先去寵物小精靈中心補血。月見山內可遇到以前尚未遇過的精靈，像「皮皮」等…內側可以得到一些道具，也會有許多訓練家！到達最內側，打贏一個訓練家，可以拿一個化石。（左邊是化石盔，右邊是菊石獸）出去月見山吧！出了洞窟，再向東走，到達華藍市。先提升等級，去挑戰第二個道館，GYM2場主：小霞使用屬性：水系海星星 Lv.18 無性別寶石海星
Lv.21 無性別勝利後，可得技03。先補血，訓練好精靈，之後上城市上的橋，見宿敵對戰宿敵：比比鳥 Lv.17 男克你的精靈 Lv.18XXX（忘了） Lv.16 男小拉達 Lv.15 男對戰完後得Voice
Checker（可記錄一些訓練師的有關資料）。之後繼續上橋對戰，轉右到盡頭入屋走到海邊小屋，先和屋內皮皮談話，再操作計算機以幫助皮皮恢復成人類——正輝，他會給你船票；之後可以觀看寵物小精靈伊布、雷精靈、水精靈和火精靈的圖鑑。接著請回道館從後面的房屋進去，和火箭隊對打，打贏得到技28（挖洞）在往下在，中途會有飼育屋，可養育寵物小精靈，需要花錢。往地下通道走，走出後到達6號道路。往下走則到枯葉市。枯葉市中，有一間屋子（PC左邊），有個人會給你爛釣竿。（只能釣到鯉魚王）PC內問一女子（在櫃檯前），會得到Battle Searcher，用來搜尋哪些已戰勝的訓練員想再挑戰你去寵物小精靈俱樂部（GYM上方）問大叔拿交換卷，回到淺藍市的腳踏車店可換腳踏車 ．去港口坐船——聖安奴號吧！
（提示：船上第一層上排右二的房間可醫療精靈 ）在船上有些訓練家，房間裡有些很好的道具，緊的要拿，因為此船打完便會離港口走到二樓，會與宿敵對戰。之後去船長房間拿祕傳招式01（砍樹）。離開船，見船離去拿到砍樹以後就可以到此市的道館去。進去後，館主在一道電池門後，調查場館那些桶子會有反應，需連續兩次調查到正確的，館主的門才會開啟。
（先調查一個，如果對了，先存檔，然後另一個就在附近，試錯了的話，重新開機再試第二個即可）GYM3場主：馬志士使用屬性：電系霹靂彈 Lv.21 無性別皮卡丘 Lv.18 男雷丘 Lv.24 男打完請到城市上方問一名研究員，然後去地鼠洞穴（在城市東邊），進去後亦可抓一些地鼠，出去洞穴後往下走，利用砍樹，到達一間大屋，問一名研究員，可得到祕傳招式05（閃光）（
條件是你最少要收服10只寵物小精靈 ，曾擁有或進化亦計算在內，而相同的精靈只計算作一隻） 。然後，返回華籃市（GYM2，在枯葉市上方），將城市東邊的樹砍倒，向東行，到達最東邊，有一個寵物小精靈中心，旁邊是黑暗洞窟。
而下方的無人發電廠，等學會了游泳再去，內有閃電鳥。進入黑暗洞穴請使用閃光來照亮。通過黑暗洞窟，向南行，即可到達紫苑鎮，此村莊有一棟很大建築物是寵物小精靈骨靈塔，先別進去，向西走，到了一間有地道的屋子，穿越後可到達彩虹市。彩虹市有一間大型百貨公司，可以購得許多重要道具，有多餘錢的話，不妨補給一下。注意，城市中有一棟大廈有後門，進入並上到頂樓可以獲得稀有精靈伊布！先別心急去金黃市，你必須先處理火箭兵團事件到城市右下方，到達一間飯店，問裡面的一名男子可得錢幣袋，用來在遊戲中心玩遊戲到城鎮裡的遊戲中心（紅色，很搶眼的），裡面有很多人玩遊戲機，行到右上，發現火箭兵團成員觀看一張海報與他戰鬥，戰鬥完後調查海報，發現右方有祕道進入後一直落去B4樓，與左上方的人戰鬥戰鬥完後他會給你升降機鎖匙回B2樓，過方向地板（請用你的智慧），乘升降機到B4樓的另一面，與門口的兩名火箭兵團成員戰鬥門開啟，先存檔，再與沙加老大戰鬥，小心，他實力頗高獲勝後，記得執拾地下的精靈眼鏡，以進入紫苑鎮骨靈塔之用乘升降機回B1，與最後一名團員戰鬥，離開波子機中心，此時GYM門前已經沒有人擋路，可進入去戰鬥GYM4場主：莉佳使用屬性：草系大食花 Lv.29 女長藤怪 Lv.24 女霸王花 Lv.29 女獲勝後，請你到紫苑鎮骨靈塔，打倒塔上的精靈－嘎拉嘎拉（只准打倒），以獲得精靈之笛喚醒擋路的卡比獸進入紫苑鎮故靈塔，二樓會遇見宿敵，強制進入戰鬥！對戰宿敵：比比鳥 Lv.25 男蛋蛋 Lv.23 男XXX
Lv.20 男克你的精靈 Lv.25暴鯉龍 Lv.22 男一直上，遇見嘎拉嘎拉(LV.30)，不能捕捉，只能打倒它打倒嘎拉嘎拉後，上樓梯，與幾名火箭兵團成員對戰後，與伯伯談話你會回到他家，再一次與他談話，得到精靈之笛，現在你可以用它來喚醒擋在12號道路及16號道路的兩隻卡比獸，如在戰鬥時使用精靈之笛，雙方的精靈均可解除睡眠狀態現在，盡情去捉卡比獸吧！你便可以繼續上路了！建議你用彩虹市西邊的16號道路到達淺紅市先到16號道路，暫時別喚醒卡比獸，先砍上方的樹，再轉左通過關卡進入一間屋在屋內問小女孩，得祕傳招式2號（飛行）安裝後你便可以飛到你曾到過的城市PC門前，不要再辛苦地輾轉來回了！現在，返回剛才卡比獸的地方，存檔，在卡比獸面前按A掣，用精靈之笛喚醒它(LV.30)捕捉後，一直繼續沿左方，通過關卡然後你會到達單車徑，請先確認你已經拿了單車（自行車）並且在身上由於這是斜路，很快你便到達了淺紅市注意：若你是從紫苑鎮經木橋來
到淺紅市的話，中間有一間屋，可得高階魚竿而在淺紅市右下房屋可得中級魚竿第五間GYM裡面有一些帶白點的隱形牆GYM5場主：阿橘使用屬性：毒系瓦斯蛋 Lv.37 男 X2臭臭泥 Lv.39 男雙蛋瓦斯 Lv.43 男小心敵人用自爆及小心己方精靈中劇毒戰鬥完後，到淺紅市最北的屋（要用砍樹），進入野生原野區。進入這裡你可以見到很多新的精靈，但值得注意的是你每次進入要付款500圓，而且每次只能在園內移動六百步，當你過了六百步便會強制離開。進入的目的是為了得到祕傳機器03（衝浪）及尋回假牙，以換取祕傳機器04（推石）請多來數次熟習環境，因為拿祕傳機器03的屋子及拿假牙的地方都很偏遠，假牙是在拿祕傳機器03的屋子附近地上的一個精靈球！拿到衝浪，你便可以在精靈世界中任何水域游泳，到達更多神祕地方，例如可到無人發電廠捕捉閃電鳥、到雙子島捕捉急凍鳥（需要祕傳機器04）、到紅蓮島挑戰場主夏伯等等！拿到假牙後，到城市中PC右邊的屋內，問裡面的伯伯，便可得到祕傳機器04（推石），使你可以移動方形棕色的岩石！飛回彩虹市，到PC左邊第一間高樓大廈，問地下的婆婆，得一杯茶然後向東走，守衛便讓你過路了，歡迎來到金黃市！先補血，再進入城中最大座的火箭兵團基地——西魯夫大廈過關關鍵是拿鎖匙，鎖匙在五樓的東南偏南方向，用你的智慧吧！提示：注意轉移地板的特性拿了鎖匙後，到三樓中左位置的房間，用鎖匙開門，踏轉移地板，到七樓左上角，見宿敵，強制對戰。對戰宿敵：大比鳥 Lv.37 男蛋蛋 Lv.38 男（可能不同）XXX Lv.35 男克你的精靈 Lv.40暴鯉龍
Lv.39 男戰勝後，問下面的男生可得乘龍(Lv.25)踏轉移地板，到十一樓，與火箭隊和老大板木戰鬥吧！戰勝後，問最上的伯伯可得大師球，這球可100%成功收服任何精靈，非常珍貴，只此一個，故此切勿亂用！離開後，到PC補血，然後可以到金黃市最右下的屋內得到招式29（精神念力），然後去挑戰金黃場館吧！你亦可以先到左邊的格鬥場館拿沙瓦郎（左邊）或艾比郎（右邊）（每隻Lv.25，二選一），再去挑戰金黃場館。進場館後，踏轉移地板，以逆時針方向踏即可到場主面前（重點在於到達場館左上角密室，再踏左下轉移地板）。GYM6場主：娜姿使用屬性：超能力系XXX Lv.38 男吸盤魔偶 Lv.37 女XXX Lv.43 男XXX Lv.38 女獲勝後可得招式04，然後，去紅蓮島吧！用飛行飛至真新鎮，向南方游泳，到紅蓮島。上岸後，先到PC補血，並用飛行飛到深灰市（小剛那個城），行至城市的右上角，用砍樹，進入博物館的另一頭。進入博物館後，與站在石的左邊的那個研究員談話，得化石飛龍的化石。所以，你手上現時共有兩個化石。然後，飛回紅蓮島，進入左下方的研究所內的最右邊房間，和研究員談話，先選一個化石交給他，出去，再入房，可得一隻化石精靈，如此類推多一次，兩隻古代化石精靈就到手了！（每隻均是Lv.5）然後，你要去GYM左邊的大屋拿場館鎖匙，重點在於屋內石像。進去先上一次樓梯，然後走到左上角上樓梯，上！然後，經過一番轉折，到達某層樓右下角，你會發現有兩個空位可以跳樓的（前面有個四眼訓練員），跳左邊那個空位。之後，繼續調查石像開動機關（要調查兩個），場館鎖匙就在這層樓左上角的那室臺上，祝閣下好運！提示：帶有鎖匙的那層樓，地板與其它層數不同拿到鎖匙，可用逃脫繩或調查同層樓中間房的石像，落一層樓用出口離去（請多試試觀察環境！）離開後，先補血，然後，你可以正式挑戰場主夏伯了！這島場館是屬於火系，特別的是這場館你不用與每個手下決戰，只要答對每卡牆上的問題便可省去戰鬥答案如下：第一關卡：是第二關卡：否第三關卡：否第四關卡：否第五關卡：是第六關卡：否過了關後便可正式與場主挑戰！GYM7場主：夏伯使用屬性：火系卡蒂犬 Lv.42 男小火馬 Lv.40
男烈焰馬 Lv.42 男風速狗 Lv.47 男請小心威力大的大字爆！戰勝後可得招式38（大字爆）橘子群島篇一出場館，你便會被人拉去上船，到達橘子島1。這人會帶你到PC，並且正輝出現，給你更新圖鑑及地圖。由於他倆失去了一件配件，使三個島上的PC計算機不能使用，故此，你暫時不能在這三個島用計算機。這世界有七個島，野生精靈等級也提升不少，更加重要的是可捉火焰鳥！首先，要從島一上面的溫泉山洞，跟山洞中上位置的伯伯談話，得到祕傳招式06（碎巖），可以破開一些棕色碎石。然後，繼續向上行，用游泳游到最上的小島，再過山洞就有火焰鳥可以捕捉！(Lv.50)捕捉成功後，用飛行飛回島一，坐船到島二，上岸後到最右的民居，問一名男子(入到去跑來跑去那個)他會要求你去島三森林救他的女兒。請坐船到島三，這時阻在島上的單車黨會與你戰鬥，要與四／五名黨員對戰，建議先補血對戰完後，黨員離去，問該兩名男士可得補血道具然後，直行轉左，過橋，入森林在森林左上方草堆見小女孩，與她談話素利拍 突然出現，收服／消除Lv.30的素利拍成功救出女孩你會回到二島的民居，再問該名男子，可得配件返回島一PC，與正輝談話，任務完成最後，你將會返回紅蓮島，繼續完成第八個勝章及挑戰五大天王。你可以由枯葉市(GYM3)碼頭坐船來回橘子島1、2或3用飛行回常磐市，現在可以進入第八間道館場主就在道館左上角GYM8場主：板木使用屬性：地面系鐵甲犀牛
Lv.45 男三地鼠 v.42 男尼多後 Lv.45 女尼多王 Lv.45 男鐵甲暴龍 Lv.50 男勝利後可得招式26之後去PC補血，然後，你就可以去挑戰五大天王，從常磐市左邊2號道路前進，見宿敵，戰鬥。戰鬥完後繼續行，見一座紅色大屋，進入，一直沿路行，中途有很多守衛檢查勝章，是正常的。經過一番游水，你會進入一個山洞，此山洞重點是你要推石掩埋白色開關，以及推一隻石落山洞唯一一個缺口，再跳落缺口，推那隻石掩埋白色開關，助你過山洞，請用智慧及時間，加油！過完此山洞就到達石英高原，可以挑戰五大天王，進入最後階段了！你已經到達石英高原，五大天王在眼前第一位天王：科拿第二位天王：希巴第三位天王：橘子第四位天王：渡冠軍選手-小茂（你的宿敵）戰鬥勝利後，你會返回真新鎮，但未算是破關。而且仍未能收服超夢，不能傳精靈至藍寶石／紅寶石你還要去橘子四、五、六、七島處理一個祕密！到達需求：已經收服了到60只寵物小精靈然後找大木博士升級圖鑑去四大王王，發現不能進去挑戰於枯葉市乘船，去橘子群島1的PC問右邊機器前的男士去捉火焰鳥的山頂，一入去轉右見到2名火箭兵團成員，突然多了一個洞同2名火箭兵團成員戰鬥，入去找一粒紅寶石（要推石），在二樓首次出現金銀精靈，到深處發現很多排點字，再下樓梯，見紅寶石一粒，拿走它。注意一下，在同層牆壁上亦出現了點字！找到後返回現在，於島一碼頭可坐船到島四、五、六、七，完成！在橘子四、五、六、七島，每個島均相隔甚遠橘子四、五島屬第三區域橘子六、七島屬第四區域來往每個區域須要於碼頭乘船，在同一區域內可用飛行來往在橘子四、五、六、七島，你會多次遇上宿敵，但不用戰鬥。最令人鼓舞的，是終於有金銀版精靈出現了，而且可以隨意收服！島上大部分地方的背景音樂亦轉為熟悉的金銀版音樂！XD而島上訓練員大多都是用金銀版精靈，而且等級很高（普遍都是Lv.50左右）超夢+R/S聯機篇為什麼戰勝五大天王后仍不能收服超夢？又不能與R/S聯機？首先，到島4，在最右邊洞裡得到祕傳招式07（衝瀑布），之後從一開始進來的瀑布處爬上去,有個洞進去後見四天王之一的科拿及火箭兵團成員，與火箭兵團成員對戰然後去島6南邊，在最南邊的山洞點字門前用砍樹開啟祕道進去後，跳面前的洞，然後，跳最上邊的洞，跳下你會發覺和剛才的地方一樣，不緊要，接著跳最左邊的洞然後跳最右邊的洞，接著跳最下邊的洞就可以到達了，發現藍寶石，但被人搶去，然後到島5最右下角的火箭兵團倉庫，現在能進去了經過一番努力，找到剛才搶寶石的博士（右上方），戰勝他，得到藍寶石，回去島1PC交給站在機器前的人，現在可以與藍寶石／紅寶石對戰／傳輸，亦能進超夢夢山洞了！提提你：你要在山洞裡用上招式06（碎巖）及招式03（衝浪），建議帶備逃脫繩作離開用。超夢山洞結構非常複習，要多花功夫熟習路線，而且像迷官一樣，很多樓梯，很多死路，小心被混淆！建議花多些時間熟習路線！超夢在地底三樓一個臺上只此一隻，一定要收服它喔！超夢速度很高超夢 Lv.70 無性別（用金手指：超夢洞
02031CF0:4A01 ）注意：當你處理完橘子群島，成功拿了藍寶石及紅寶石，可以收服超夢的話四大天王挑戰大門就會重開，而且實力會加強，等級高了很多而且會使用金銀精靈，有時間可去挑戰一下！收服超夢完，繼續橘子群島之旅回到島5，在左上角島上問一名男子可得波克比的蛋（需有一個空位）現在，請您找一名女子，向右走，遊至不歸洞穴，這是一個很奇怪的洞穴，一上樓梯若不依次序走，永遠會回到同一層樓（留意清楚登山男子該層其實上下左右有四個洞！）找到一名女子戰鬥完後會回到她的家到島6左上角的鬼怪洞穴，發覺是空的到島7，北邊是戰鬥塔，有時間可進去挑戰在島7向南邊走，經過橋及一些草堆，在中途分叉路往左走，草堆旁邊發現山洞，進去用智慧將七隻石推到七個洞坑上，開動機關提示：別讓石頭位置欺騙及不要貪方便，請先推最近入口的兩隻石到洞坑，亦請暫時勿急著移動一些石頭，以留空位給自己過路。成功後，機關已開，離開山洞，往最南邊游泳，發現八個遺蹟。因為你已經開了機關，所以現在你進去可遇到像英文字母的精靈No.201未知圖騰(Lv.25)，總共28只！島4 02031CF0:3A10島5 02031CF0:3A12島6 02031CF0:3A17島7
02031CF0:3A18島8 02031CF0:0002島9 02031CF0:3a02超夢洞 02031CF0:4A01船 02031CF0:1F00直接打第4天王 02031CF0:4E01回家 02031CF0:7E02忘了？
02031CF0:7B04出不去的房間 02031CF0:0A1702031CF0:3A0b02031CF0:0112進不去的房間 02031CF0:0A19 4天王門口 02031CF0:2A03（沒徽章也可以打4大了）那大師球的地方
02031CF0:3A00抓火焰鳥的地方 02031CF0:6A00無人洞 02031CF0:7A01通訊站
02031CF0:0100 02031CF0:0000第8會館 02031CF0:0105主角學3招的地方 02031CF0:0028