如何看系統進化樹?
如何讀懂進化樹
進化樹在生物學中,用來表示物種之間的進化關係。生物分類學家和進化論者根據各類生物間的親緣關係的遠近,把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上,簡明地表示生物的進化歷程和親緣關係。在進化樹上每個葉子結點代表一個物種,如果每一條邊都被賦予一個適當的權值,那麼兩個葉子結點之間的最短距離就可以表示相應的兩個物種之間的差異程度。從進化樹中還可看出:生物進化有一個規律,都是從水生到陸生,從低等到高等,從簡單到複雜。
希望對你有幫助。
生物的進化歷程(進化樹)該如何看?
我暈類~~
你用的是人教版的嗎?
進化時間要看那個"樹枝"的根部
不是圖片相平就進化時間相同
比如說腔腸動物"樹枝"的根部 就比單細胞動物"樹枝"的根部要靠上,因此腔腸動物就比單細胞動物晚進化出來.
做了一個系統進化樹,請問怎麼分析
首先你需要一個能夠對序列進行編輯的軟件(比如Mac系統的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等)對整個數據庫排序(Alignment),就是把相似的位點放到一起去.
同時你要決定構建樹用的方法,一般來說用Maximum Likelihood(Paup)、Bayesian(Mr Bayes),不過在此之前先用Neibour-Joining(快速,不準確)看一看大概情況也是必要的
然後就是把數據庫裡有Gap的部分切掉,然後放到構建樹的程序(Paup、MrBayes等)去做樹
具體方法見那些軟件的說明書……
做了一個系統進化樹,請問怎麼分析
進化樹在生物學中,用來表示物種之間的進化關係。生物分類學家和進化論者根據各類生物間的親緣關係的遠近,把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上,簡明地表示生物的進化歷程和親緣關係。在進化樹上每個葉子結點代表一個物種,如果每一條邊都被賦予一個適當的權值,那麼兩個葉子結點之間的最短距離就可以表示相應的兩個物種之間的差異程度。從進化樹中還可看出:生物進化有一個規律,都是從水生到陸生,從低等到高等,從簡單到複雜。
希望對你有幫助。
如何進行系統進化樹的構建和分析? 我這有測好的基因序列,但是不知道該怎麼構建系統進化樹,求高人指點。
首先你需要一個能夠對序列進行編輯的軟件(比如Mac系統的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等)對整個數據庫排序(Alignment),就是把相似的位點放到一起去。
同時你要決定構建樹用的方法,一般來說用Maximum Likelihood(Paup)、Bayesian(Mr Bayes),不過在此之前先用Neibour-Joining(快速,不準確)看一看大概情況也是必要的
然後就是把數據庫裡有Gap的部分切掉,然後放到構建樹的程序(Paup、MrBayes等)去做樹
具體方法見那些軟件的說明書……
如何構建系統發育樹
構建系統發育樹需要注意的幾個問題 1 相似與同源的區別:只有當序列是從一個祖先進化分歧而來時,它們才是同源的。 2 序列和片段可能會彼此相似,但是有些相似卻不是因為進化關係或者生物學功能相近的緣故,序列組成特異或者含有片段重複也許是最明顯的例子;再就是非特異性序列相似。 3 系統發育樹法:物種間的相似性和差異性可以被用來推斷進化關係。 4 自然界中的分類系統是武斷的,也就是說,沒有一個標準的差異衡量方法來定義種、屬、科或者目。 5 枝長可以用來表示類間的真實進化距離。 6 重要的是理解系統發育分析中的計算能力的限制。任何構樹的實驗目的基本上就是從許多不正確的樹中挑選正確的樹。 7 沒有一種方法能夠保證一顆系統發育樹一定代表了真實進化途徑。然而,有些方法可以檢測系統發育樹檢測的可靠性。第一,如果用不同方法構建樹能得到同樣的結果,這可以很好的證明該樹是可信的;第二,數據可以被重新取樣,來檢測他們統計上的重要性。 分子進化研究的基本方法對於進化研究,主要通過構建系統發育過程有助於通過物種間隱含的種系關係揭示進化動力的實質。 表型的(phenetic)和遺傳的(cladistic)數據有著明顯差異。Sneath和Sokal(1973)將表型性關係定義為根據物體一組表型性狀所獲得的相似性,而遺傳性關係含有祖先的信息,因而可用於研究進化的途徑。這兩種關係可用於系統進化樹(phylogenetictree)或樹狀圖(dendrogram)來表示。表型分枝圖(phenogram)和進化分枝圖(cladogram)兩個術語已用於表示分別根據表型性的和遺傳性的關係所建立的關係樹。進化分枝圖可以顯示事件或類群間的進化時間,而表型分枝圖則不需要時間概念。文獻中,更多地是使用“系統進化樹”一詞來表示進化的途徑,另外還有系統發育樹、物種樹(speciestree)、基因樹等等一些相同或含義略有差異的名稱. 系統進化樹分有根(rooted)和無根(unrooted)樹。有根樹反映了樹上物種或基因的時間順序,而無根樹只反映分類單元之間的距離而不涉及誰是誰的祖先問題。用於構建系統進化樹的數據有二種類型:一種是特徵數據(characterdata),它提供了基因、個體、群體或物種的信息;二是距離數據(distancedata)或相似性數據(similaritydata),它涉及的則是成對基因、個體、群體或物種的信息。距離數據可由特徵數據計算獲得,但反過來則不行。這些數據可以矩陣的形式表達。距離矩陣(distancematrix)是在計算得到的距離數據基礎上獲得的,距離的計算總體上是要依據一定的遺傳模型,並能夠表示出兩個分類單位間的變化量。系統進化樹的構建質量依賴於距離估算的準確性。