原核生物轉錄作用生成的mRNA屬於多順反子mRNA，即由操縱子機制控制生成的一條mRNA可編碼幾種不同的蛋白質。原核生物轉錄生成的初級轉錄本mRNA不需經過複雜的加工過程即可表現功能，惟一的加工過程是多順反子mRNA在RnaseⅢ的催化下裂解為單個的順反子。
真核生物轉錄生成的是單順反子mRNA，其前體是非均一RNA(hnRNA)。hnRNA加工過程包括
方法/步驟
剪接
真核生物的基因是一種斷裂基因，即其結構基因由若干編碼序列和非編碼序相間排列而成，其中為蛋白質編碼的可轉錄序列稱為外顯子，不為蛋白質編碼的可轉錄序列為內含子。轉錄合成的hnRNA需經過剪接、切掉內含子部分，然後再將外顯子部分拼接起來。該過程有多種酶活性物質(包括snRNA)參與。
5′末端加“帽”
真核細胞成熟mRNA的5′末端均有一個特殊的結構，即m7Gpp-pmnNp，稱為“帽”。帽的生成是在細胞核內進行的，但胞漿中也有酶體系，動物病毒mRNA加帽過程就是在宿主細胞的胞漿內進行的。
3′末端加“尾”
mRNA前體分子的3′末端有一段保守序列，由特異的核酸內切酶切去多餘的核苷酸，然後在多聚A聚合酶的催化下，由ATP聚合生成多聚A尾。該反應在核內發生，在胞漿中也可繼續進行。
鹼基修飾
mRNA分子中有少量稀有鹼基(如甲基化鹼基)是在轉錄後經化學修飾(如甲基化)而形成的。
選擇性加工
某些MRNA前體含有多個3‘剪下位點和多聚腺苷酸化位點，因此利用這些選擇性位點可產生具有不同3'端非編碼區或者具有不同編碼能力的RNA產物。通過可變剪接途徑可以挑先最保留在MRNA中的外顯子，結果單個基因可以合成多種不同的蛋白質。
RNA編輯
在合成並經RNA編輯加工之後，MRNA分子的序列可以發生改變。個別核苷酸可以被置換，新增或者刪除。編輯過的MRNA翻譯產生了較短脫脂基蛋白B48，由於基缺少一個結合受體的蛋白結構域，因此功能受限。還有好多其他編輯的例子，陣錐蟲線粒體MRNA發生RNA編輯，使得最終MRNA中一半以上的尿嘧啶都獲自編輯過程。