司法鑑定對知識產權案件的價值和意義，大家應該已經很清楚了，這裡不再累述，同樣的道理，在商業祕密侵權案件中，商業祕密司法鑑定對商業祕密侵權案件的認定，其重要性不言而喻。本文主要是針對在商業祕密案件中，商業祕密司法鑑定需要注意哪5個環節，以及作為商業祕密司法鑑定結論的使用者，如何看待和分析商業祕密司法鑑定，本文以軟件代碼商業祕密為例，圍繞著5個方面進行展開：
工具/原料
商業祕密司法鑑定
商業祕密
方法/步驟
1、商業祕密軟件代碼的提取，這是第一方面
軟件代碼商業祕密案件中，所有的重心都是圍繞著商業祕密軟件代碼，商業祕密鑑定也自然是從商業祕密軟件代碼開始，商業祕密鑑定必須首先提取代碼。在這過程中，需要注意軟件代碼的來源以及來源是否合法的問題。切勿將雙方檢材的代碼進行混淆，如果混淆，必然會影響軟件代碼同一性對比結果，順理，便會影響商業祕密鑑定結論。
2、商業祕密軟件代碼名稱對比，這是第二方面
商業祕密軟件代碼名稱對比，首先進行比較的應當是軟件代碼名稱類形式上的比較。比如對其安裝後的目錄，以及各文件進行對比。這種比較是對商業祕密軟件代碼表觀現象進行比較，包括文件名、文件長度、文件建立時間、文件修改的時間、文件上傳、文件屬性等幾個部分。由於侵權人能夠修改的畢竟還是隻能是少數部分，不可能對絕大多數軟件代碼商業祕密進行修改，也不可能對核心代碼進行修改，所以絕大部分的軟件代碼的文件的表觀現象還都應當是一致的。
3、商業祕密軟件代碼使用過程對比，這是第三方面
商業祕密軟件代碼使用過程對比，不會對加密、解密過程進行對比，因為商業祕密軟件代碼對比的是具體的軟件代碼，是對軟件功能、內容有著實質影響的部分，加密、解密僅僅是手段，不是具體的軟件代碼，更不是商業祕密。因此，加密、解密過程本身不是軟件商業祕密鑑定所針對的對象。商業祕密軟件代碼使用過程對比，是對軟件代碼使用過程中的屏幕顯示、使用方法、功能、功能鍵、以往範例等進行對比，特別是普通文獻和下拉、內容、選擇項、彈出菜單的方位等進行對比。
4、商業祕密軟件代碼內容的對比，這是第四方面
商業祕密軟件代碼內容的對比，這是商業祕密司法鑑定核心內容，因為軟件商業祕密司法鑑定是針對具體軟件代碼內容展開的鑑定。軟件包含程序和文檔，程序是軟件商業祕密的核心內容，包含源程序和目標源程序，文檔主要是對程序進行說明，程序和文檔的關係是內容和形式的關係。除了開源程序外，源程序是不會帶外公開的，軟件的功能主要是通過源程序來實現，並將源程序轉化為目標程序，以目標程序的形式向外傳播。因此軟件著作權鑑定主要是針對源程序進行鑑定，在源程序無法獲取的情況下，對目標程序進行鑑定。
注意事項
綜上，長昊商業祕密律師認為，軟件商業祕密的核心是軟件源代碼，其次是軟件目標代碼，軟件商業祕密鑑定也是圍繞軟件代碼進行，通過對比判斷軟件商業祕密是否相同或實質相同，是否存在同一性關係。在進行軟件商業祕密鑑定時，需要注意上述5個環節，其他商業祕密也同樣如此。