企業在選型和實施的過程中存在著很多困惑：包括選型難點、MES需求常見的誤區、如何科學的進行MES需求分析是MES實施的關鍵點。
工具/原料
MES系統
方法/步驟
需求寬泛，缺乏針對性。由於對MES理念和企業的實際業務缺乏一定的理解，企業在提出MES的需求時，往往比較寬泛，缺乏針對性，甚至將目標與需求混為一談
用IT語言描述需求，不便於決策。很多企業在進行MES描述時，往往會用IT的語言進行描述，而這些功能需求的描述如果缺乏業務相關聯，如何讓管理者進行決策？
注重功能羅列，缺乏平臺關注。由於MES個性很強，在應用過程中還經常會根據企業的具體情況進行二次開發，因此對於MES系統的平臺性就顯得非常關注，同樣的一個功能，是通過配置來實現，還是通過自帶的開發平臺來實現，還是需要寫VC程式碼來實現等，不同的方式影響的不僅僅是功能本身，更為關鍵的是實現效率上。
好高騖遠，不切實際。不少企業在制定需求時，往往不看企業管理現狀及資訊化應用的情況，將MES中的很多高階功能提出來，好高騖遠，不切實際。並不是說這些功能不需要，而是要在整體規劃的前提下分清輕重緩急，把握主要矛盾，解決重點問題，而不是眉毛鬍子一把抓。
各供應商特色功能羅列。不少企業在進行MES需求分析的時候，通過網路可以便捷的瞭解到各供應商的解決方案，及特色功能等，於是通過“Ctrl+C”和“Ctrl+V”把各家的特殊功能進行羅列，就完成了需求分析，並用這個來組織招標選型，最後的結果是MES還不成熟，不能滿足我們企業的要求。
與現有系統的整合方案考慮不細。能考慮實施MES的企業，通常資訊化都有一定的基礎，因此在考慮需求時，一定要結合資訊化的應用現狀，把整合問題考慮清楚，而且要明確整合目標、整合機理、如何實現、需要相關係統做什麼配合等，都需要明確的描述出來。